Изоляция и секвенирование полноразмерного генома штамма вируса бешенства, выделенного от бурого медведя (Ursus arctos), напавшего на человека в Приморском крае (ноябрь 2014 г.)

Статья в Elpub

Вопросы вирусологии. 2016; 61: 180-186

Изоляция и секвенирование полноразмерного генома штамма вируса бешенства, выделенного от бурого медведя (Ursus arctos), напавшего на человека в Приморском крае (ноябрь 2014 г.)

Щелканов М. Ю., Девяткин А. А., Ананьев В. Ю., Фролов Е. В., Домбровская И. Э., Дедков В. Г., Ардашев А. В., Коломеец С. А., Короткова И. П., Любченко Е. Н., Бандеев В. В., Просянникова М. Н., Галкина И. В., Иванушко Е. С., Емельянова Н. П., Баранов Н. И., Ульянова С. А., Арамилев С. В., Фоменко П. В., Суровый А. Л., Порошин Н. А., Сокол Н. Н., Маслов Д. В., Махиня Е. Е., Шипулин Г. А.

https://doi.org/10.18821/0507-4088-2016-61-4-180-186

Аннотация

В ноябре 2014 г. в с. Барабаш (Хасанский район Приморского края), расположенном в непосредственной близости к национальному парку «земля леопарда», произошло нападение бурого медведя (Ursus arctos) на человека. Девиантное поведение медведя позволило предположить бешенство, которое было подтверждено после его отстрела с помощью лабораторных методов. из головного мозга медведя был изолирован штамм RABV/Ursus arctos/Russia/Primorye/PO-01/2014 (далее - PO-01). Штамм PO-01 является первым полностью секвенированным дальневосточным штаммом вируса бешенства и может считаться топотипным. PO-01 значительно отличается от вакцинного штамма RV-97 (СепеВапк EF542830), на основе которого выпускается живая аттенуированная вакцина, применявшаяся для профилактики бешенства в «Земле леопарда». Вместе с тем иммунодоминантные сайты в белках PO-01 и RV-97 отличаются незначительно, и применение вакцины может быть рекомендовано к продолжению. Анализ генома PO-01 (СепеВапк KP997032) выявил его принадлежность к евразийской генетической подгруппе генотипа 1 (уличного бешенства). Таким образом, эта генетическая подгруппа распространяется на восток вплоть до окраины материка. Расширение трансграничных охраняемых территорий России и Китая на Дальнем Востоке требует корректного учета циркуляции лиссавирусов.

Список литературы

1. Львов Д.К., ред. Медицинская вирусология. М.: МИА; 2008.

2. Львов Д.К., ред. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных. М.: МИА; 2013.

3. L’vov D.K., Shchelkanov M.Yu., Alkhovsky S.V., Deryabin P.G. Zoonotic Viruses of Northern Eurasia. Taxonomy and Ecology. Elsevier Academic Press; 2015.

4. Белик Е.В., Дудников С.А., Бельчихина А.В., Лядский М.М., Дудорова М.В. Эпизоотическая ситуация по бешенству на территории Владимирский области (2005-2009). Информационно-аналитический обзор. Владимир: ВНИИЗЖ; 2010.

5. Kuzmin I.V., Botvinkin A.D., McElhinney L.M., Smith J.S., Orciari L.A., Hughes G.J. et al. Molecular Epidemiology of terrestrial Rabies in the former Soviet Union. J. Wildl. Dis. 2004; 40 (4): 617-31.

6. Чупин С.А., Чернышова Е.В., Метлин А.Е. Генетическая характеристика полевых изолятов вируса бешенства, выявленных на территории Российской Федерации в период 2008-2011 г. Вопросы вирусологии. 2013; 58 (4): 44-9.

7. Хисматуллина Н.А., Гулюкин А.М., Гулюкин М.И., Иванов А.В., Сабирова В.В., Южаков А.Г. и др. Два случая гидрофобии в Республике Татарстан: прижизненная и постмортальная лабораторная диагностика. Вопросы вирусологии. 2015; 60 (2): 18-24.

8. Сидорова Д.Г., Сидоров Г.Н., Полещук Е.М., Колычев Н.М. Бешенство в Восточной Сибири в XX - начале XXI веков. Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра Сибирского отделения РАМН. 2007; (Приложение 3): 168-72.

9. Ботвинкин А.Д. Смертельные случаи заболевания людей бешенством в Евразии после контактов с рукокрылыми. Plecotus et al. 2011; (14): 75-86.

10. Leonova G.B., Belikov S.I., Kondratov I.G., Krylova N.V., Pavlenko E.V., Romanova E.V. et al. A fatal case of bat lyssavirus infection in Prymorye Territory of the Russian Far East. WHO Rabies Bulletin Europe. 2009; 33 (4): 5-8.

11. Liu Y., Zhang S., Zhao J., Zhang F., Hu R. Isolation of Irkut Virus from a Murina leucogaster Bat in China. PLoS Negl. Trop. Dis. 2013; 7 (3): e2097.

12. Инструкция по применению Антирабического лиофилизированного иммуноглобулина, меченного флуоресцеинизотиоцианатом (ФИТЦ-иммуноглобулин). Владимир: ФГБУ «ВНИИЗЖ»; 2011.

13. ГОСТ 26075-2013. Методы лабораторной диагностики бешенства. Межгосударственный стандарт. М.: Стандартинформ; 2014.

14. Назаров Н.А., Михайлина Н.М., Рыбаков С.С., Метлин А.Е., Чепуркин А.В., Молодкин А.В. и др. Разработка твердофазного непрямого сэндвич-варианта иммуноферментного анализа для диагностики бешенства животных. Труды Федерального центра охраны здоровья животных. 2006; 4: 117-24.

15. Reed L.J., Muench H. A simple method of estimating fifty percent endpoints. Amer. J. Hyg. 1938; 27: 493-7.

16. Poleshchuk E.M., Deviatkin A.A., Dedkov V.G., Sidorov G.N., Ochkasova J.V., Hodjakova I.A. et al. Complete genome sequences of four virulent rabies virus strains isolated from rabid animals in Russia. Genome Announc. 2013; 1 (3): e00140-13.

17. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Mol. Biol. Evol. 2013; 30 (12): 2725-9.

18. Lubchenko E. Rabies control in eastern Russian Ussuriysk region. WHO Rabies Bulletin Europe. 2008; 32 (1): 7-8.

19. Метлин А.Е. Молекулярно-биологические характеристики полевых изолятов и аттенуированных штаммов вируса бешенства: Дисс. … канд. вет. наук. Владимир; 2004.

20. Liu Y., Zhang S., Zhao J., Zhang F., Li N., Lian H. et al. Fox- and raccoon-dog-associated rabies outbreaks in northern China. Virol. Sin. 2014; 29 (5): 308-10.

21. Zhu H., Chen X., Shao X., Ba H., Wang F., Wang H. et al. Characterization of a virulent dog-originated rabies virus affecting more than twenty fallow deer (Dama dama) in Inner Mongolia, China. Infect. Genet. Evol. 2015; 31: 127-34.

22. Nadin-Davis S.A., Simani S., Armstrong J., Fayaz A., Wandeler A.I. Molecular and antigenic characterization of rabies viruses from Iran identifies variants with distinct epidemiological origins. Epidemiol. Infect. 2003; 131 (1): 777-90.

23. Pant G.R., Lavenir R., Wong F.Y., Larrous F., Bhatta D.R., Bourhy H. et al. Recent emergence and spread of an Arctic-related phylogenetic lineage of rabies virus in Nepal. PLoS Negl. Trop. Dis. 2013; 7 (11): e2560.

Problems of Virology. 2016; 61: 180-186

Isolation and complete genome sequencing of rabies virus strain isolated from a brown bear (Ursus arctos) that attacked a human in Primorsky krai (November, 2014)

Shchelkanov M. Yu., Deviatkin A. A., Ananiev V. Yu., Frolov E. V., Dombrovskaya I. E., Dedkov V. G., Ardashev A. V., Kolomeets S. A., Korotkova I. P., Lyubchenko E. N., Bandeev V. V., Prosyannikova M. N., Galkina I. V., Ivanushko E. S., Emelyanova N. P., Baranov N. I., Ulyanova S. A., Aramilev S. V., Fomenko P. V., Surovy A. L., Poroshin N. A., Sokol N. N., Maslov D. V., Makhinya E. E., Shipulin G. A.

https://doi.org/10.18821/0507-4088-2016-61-4-180-186

Abstract

An attack of a brown bear (Ursus arctos) on human was detected in November, 2014 in the Barabash village (Khasan region of the Primorski krai) located in close proximity to the national park Land of the Leopard. The bear was shot. The deviant behavior of the bear indicated the possibility of rabies. The diagnosis was confirmed by means of laboratory methods. The strain RABV/Ursus arctos/Russia/Primorye/PO 01/2014 (further PO 01) was isolated from the brain of the bear. PO 01 is the first completely sequenced Far Eastern strain of RABV. It can be considered as topotypic. PO 01 considerably differs from the vaccine strain RV 97 (GenBank EF542830) that is the basis of attenuated vaccine applied in the Land of the Leopard. At the same time, the immunodominant sites in PO 01 and RV 97 proteins differ slightly. It can be recommended to continue application of the vaccine. The analysis of the PO 01 genome (GenBank KP997032) revealed its belonging to the Eurasian genetic subgroup of the genotype 1 (street rage). Thus, this genetic subgroup stretches to the East. Expansion of the cross-border protected territories of Russia and China in the Far East demands the correct statistics of circulation of the lyssaviruses to be kept.

References

1. L'vov D.K., red. Meditsinskaya virusologiya. M.: MIA; 2008.

2. L'vov D.K., red. Rukovodstvo po virusologii. Virusy i virusnye infektsii cheloveka i zhivotnykh. M.: MIA; 2013.

3. L’vov D.K., Shchelkanov M.Yu., Alkhovsky S.V., Deryabin P.G. Zoonotic Viruses of Northern Eurasia. Taxonomy and Ecology. Elsevier Academic Press; 2015.

4. Belik E.V., Dudnikov S.A., Bel'chikhina A.V., Lyadskii M.M., Dudorova M.V. Epizooticheskaya situatsiya po beshenstvu na territorii Vladimirskii oblasti (2005-2009). Informatsionno-analiticheskii obzor. Vladimir: VNIIZZh; 2010.

6. Chupin S.A., Chernyshova E.V., Metlin A.E. Geneticheskaya kharakteristika polevykh izolyatov virusa beshenstva, vyyavlennykh na territorii Rossiiskoi Federatsii v period 2008-2011 g. Voprosy virusologii. 2013; 58 (4): 44-9.

7. Khismatullina N.A., Gulyukin A.M., Gulyukin M.I., Ivanov A.V., Sabirova V.V., Yuzhakov A.G. i dr. Dva sluchaya gidrofobii v Respublike Tatarstan: prizhiznennaya i postmortal'naya laboratornaya diagnostika. Voprosy virusologii. 2015; 60 (2): 18-24.

8. Sidorova D.G., Sidorov G.N., Poleshchuk E.M., Kolychev N.M. Beshenstvo v Vostochnoi Sibiri v XX - nachale XXI vekov. Byulleten' Vostochno-Sibirskogo nauchnogo tsentra Sibirskogo otdeleniya RAMN. 2007; (Prilozhenie 3): 168-72.

9. Botvinkin A.D. Smertel'nye sluchai zabolevaniya lyudei beshenstvom v Evrazii posle kontaktov s rukokrylymi. Plecotus et al. 2011; (14): 75-86.

11. Liu Y., Zhang S., Zhao J., Zhang F., Hu R. Isolation of Irkut Virus from a Murina leucogaster Bat in China. PLoS Negl. Trop. Dis. 2013; 7 (3): e2097.

12. Instruktsiya po primeneniyu Antirabicheskogo liofilizirovannogo immunoglobulina, mechennogo fluorestseinizotiotsianatom (FITTs-immunoglobulin). Vladimir: FGBU «VNIIZZh»; 2011.

13. GOST 26075-2013. Metody laboratornoi diagnostiki beshenstva. Mezhgosudarstvennyi standart. M.: Standartinform; 2014.

14. Nazarov N.A., Mikhailina N.M., Rybakov S.S., Metlin A.E., Chepurkin A.V., Molodkin A.V. i dr. Razrabotka tverdofaznogo nepryamogo sendvich-varianta immunofermentnogo analiza dlya diagnostiki beshenstva zhivotnykh. Trudy Federal'nogo tsentra okhrany zdorov'ya zhivotnykh. 2006; 4: 117-24.