Вирусологические, эпидемиологические, клинические, молекулярно-генетические особенности эпидемии гриппа 2015-2016 гг: доминирование вируса гриппа A (H1N1)pdm09 в России и странах Северного полушария

Статья в Elpub

Вопросы вирусологии. 2016; 61: 159-166

Вирусологические, эпидемиологические, клинические, молекулярно-генетические особенности эпидемии гриппа 2015-2016 гг: доминирование вируса гриппа A (H1N1)pdm09 в России и странах Северного полушария

Львов Д. К., Бурцева Е. И., Колобухина Л. В., Федякина И. Т., Кириллова Е. С., Трушакова С. В., Феодоритова Е. Л., Беляев А. Л., Меркулова Л. Н., Краснослободцев К. Г., Мукашева Е. А., Гарина Е. О., Оскерко Т. А., Аристова В. А., Вартанян Р. В., Кистенева Л. Б., Дерябин П. Г., Прилипов А. Г., Альховский С. В., Кружкова И. С., Базарова М. В., Девяткин А. В.

https://doi.org/10.18821/0507-4088-2016-61-4-159-166

Аннотация

Представлены особенности циркуляции вирусов гриппа в период с октября 2015 г. по март 2016 г. в 10 городах России, опорных базах ЦЭЭГ Института вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «ФНИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России. Подъем заболеваемости, этиологически связанный с вирусами гриппа, регистрировали в январе-феврале 2016 г. Максимальные показатели заболеваемости были отмечены на 4-5-й неделе года. наиболее вовлеченными в эпидемию были дети в возрасте 3-6 лет, но частота госпитализации была наиболее высокой в группе 15-64 года (65%). В клинике преобладали среднетяжелые и тяжелые формы с высокой частотой госпитализаций, сравнимой с сезоном 2009-2010 гг., но существенно выше, чем в сезон 2014-2015 гг. вирусные пневмонии, в половине случаев двусторонние, среди госпитализированных больных выявлены у 10% детей и 30% взрослых. Летальность по отделению реанимации достигла 46%. Практически все летальные случаи возникли при поздней госпитализации у непривитых больных, не прошедших ранний курс противовирусной терапии. Отмечено повсеместное доминирование (более 90%) штаммов вируса гриппа A (H1N1)pdm09 как в РФ, так и в большинстве стран Северного полушария. По результатам изучения антигенных свойств штаммов вируса гриппа A (H1N1)pdm09 не выявлены различия по отношению к вакцинному вирусу. При секвенировании обнаружены аминокислотные замены в гемагглютинине (рецепторсвязывающем и Sa-сайтах) и генах, кодирующих внутренние белки (PA, NP, M1, NS1). Штаммы были чувствительны к озельтамивиру и занамивиру, сохранили резистентность к ремантадину. Долевое участие возбудителей ОРви негриппозной этиологии было сравнимо с аналогичным показателем в предыдущие эпидемические сезоны.

Список литературы

1. Львов Д.К., Бурцева Е.И., Прилипов А.Г., Колобухина Л.В., Меркулова Л.Н., Дерябин П.Г. и др. Изоляция 24.05.2009 г. и депонирование в Государственную коллекцию вирусов (ГКВ № 2452 от 24.05.2009 г.) первого штамма А/IIV-Moscow/01/2009 (H1N1) swl, подобного свиному вирусу A (H1N1) от первого выявленного 21.05.2009 г. больного в г. Москве. Вопросы вирусологии. 2009; 54 (5): 10-4.

2. Карпова Л.С., Соминина А.А., Бурцева Е.И., Пелих М.Ю., Феодоритова Е.Л., Поповцева Н.М. и др. Сравнение эпидемий гриппа в России, вызванных пандемическим вирусом гриппа A (H1N1) pdm09 в период с 2009 по 2013 г. Вопросы вирусологии. 2015; 60 (3): 19-25.

3. Львов Д.К., Бурцева Е.И., Колобухина Л.В., Дерябин П.Г., Кириллова Е.С., Трушакова С.В. и др. Особенности эпидемического сезона 2014/2015 гг. по гриппу в разных регионах России. Инфекционные болезни. 2015; 13 (4): 59-67.

4. Выделение вирусов гриппа в клеточных культурах и куриных эмбрионах и их идентификация: Методические рекомендации (утверждены ФС по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека от 18 апреля 2006 г. N.0100/4430-06-34). М.; 2006.

5. Львов Д.К., Бурцева Е.И., Прилипов А.Г., Богданова В.С., Щелканов М.Ю., Бовин Н.В. и др. Возможная связь летальной пневмонии с мутациями пандемического вируса гриппа A/H1N1 swl в рецепторсвязывающем сайте субъединицы HA1 гемагглютинина. Вопросы вирусологии. 2010; 55 (4): 4-9.

6. Львов Д.К., Яшкулов К.Б., Прилипов А.Г., Бурцева Е.И., Шляпникова О.В., Поглазов А.Б. и др. Обнаружение аминокислотных замен аспарагиновой кислоты на глицин и аспарагин в рецептор связывающем сайте гемагглютинина в вариантах пандемического вируса гриппа A/H1N1 от больных с летальным исходом и со среднетяжелой формой заболевания. Вопросы вирусологии. 2010; 55 (3): 15-9.

7. Cайт Европейского ВОЗ. Available at: http://flunewseurope.org.

8. Cайт Центров по контролю за заболеваемостью и профилактике (CDC&P), Атланта США. Available at: http://www.cdc.gov/flu/weekly/index.htm.

9. Чучалин А.Г. Грипп: уроки пандемии (клинические аспекты). Пульмонология. 2010; Приложение 1: 3-8.

10. Dawood F.S., Jain S., Finelli L., Shaw M.W., Lindstrom S., Garten R.J. et al. Emergence of a novel swine-origin influenza A (H1N1) virus in humans. N. Engl. J. Med. 2009; 360 (25): 2605-15.

11. Dawood F.S., Iuliano A.D., Reed C., Meltzer M.I., Shay D.K., Cheng P.Y. et al. Estimated global mortality associated with the first 12 months of 2009 pandemic influenza A H1N1 virus circulation: a modeling study. Lancet Infect. Dis. 2012; 12 (9): 687-95.

12. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Estimates of deaths associated with seasonal influenza in United States, 1976-2007. MMWR Morb. Mortal. Wkly Rep. 2010; 59 (33): 1057-62.

13. Sominina A., Burtseva E., Eropkin M., Karpova L., Zarubaev V., Smorodintseva E. et al. Influenza surveillance in Russia based on epidemiological and laboratory data for the period from 2005 to 2012. Am. J. Inflect. Dis. 2013; 9 (3): 77-93.

14. Review of the 2014-2015 influenza season in the northern hemisphere. Available at: http://www.who.int/wer/2015/wer9023.pdf.

15. Skowronski D., Chambers C., Sabaiduc S., Serres G. De., Dickinson J.A., Winter A.L. et al. Interim estimates of 2014/2015 vaccine effectiveness against influenza A (H3N2) from Canada’s Sentinel Physician Surveillance network, January 2015. Euro Surveill. 2015; 20 (4): pii=21022.

16. Pebody R., Warburton F., Ellis J., Andrews N., Thompson C., von Wissmann B. et al. Low effectiveness of seasonal influenza vaccine in preventing laboratory confirmed influenza in primary care in the United Kingdom: 2014/2015 mid-season results. Euro Surveill. 2015; 20 (5): pii=21025.

17. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2015-2016 northern hemisphere. Available at: http://www.who.int/influenza/vaccines/virus/recommendations/2015_16_north/en.

18. Komissarov A., Fadeev A., Petrov S., Sergeeva M., Sintsova K., Egorova A. et al. Rapid spread of influenza A (H1N1)pdm09 viruses with a new set of specific mutations in the internal genes in the beginning of 2015/2016 epidemic season in Moscow and Saint-Petersburg (Russian Federation). Influenza Other Respir. Viruses. 2016. Available at: http://dx.doi.org/10.1111/irv.12389.

19. Raymond F.L., Caton A.J., Cox N.J., Kendal A.P., Brownlee G.G. The antigenicity and evolution of influenza H1 Haemagglutinin from 1950-1957 and 1977-1983: two pathways from one gene. Virology. 1986; 148: 257-87.

20. Puzelli S., Facchini M., Spagnolo D., De Marco M.A., Calzoletti L., Zanetti A. et al. Transmission of hemagglutinin D222G mutant strain of pandemic (H1N1)2009 virus. Emerg. Infect. Dis. 2010; 16 (5): 863-5.

21. Rogers G.N., Paulson J.C., Daniels R.S., Skehel J.J., Wilson I.A., Wiley D.C. Single amino acid substitutions in influenza hemagglutinin change receptor binding specificity. Nature. 1983; 304 (5921): 76-8.

22. Valli M.B., Selleri M., Meschi S., Zaccaro P., Vincenti D., Lalle E. et al. Hemagglutinin 222 variants in pandemic (H1N1) 2009 virus. Emerg. Infect. Dis. 2011; 17 (4): 749-51.

23. WHO. Preliminary review of D222G amino acid substitution in hemagglutinin of pandemic influenza A (H1N1) 2009 viruses. WHO Report 28 December 2009. Available at: http://www.who.int/csr/resources/publications/swineflu/h1n1_d222g/en/index.html.

24. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2016-2017 northern hemisphere. Available at: http://www.who.int/wer/2016/wer9110.pdf?ua=1.

25. Zoonotic influenza viruses: antigenic and genetic characteristics and development of candidate vaccine viruses for pandemic preparedness. Available at: http://www.who.int/wer/2016/wer9111.pdf?ua=1.

Problems of Virology. 2016; 61: 159-166

Virological, epidemiological, clinic, and molecular genetic features of the influenza epidemic in 2015-2016: prevailing of the influenza A(H1N1)09 pdm virus in Russia and countries of the Northern hemisphere

Lvov D. K., Burtseva E. I., Kolobukhina L. V., Fedyakina I. T., Kirillova E. S., Trushakova S. V., Feodoritova E. L., Belyaev A. L., Merkulova L. N., Krasnoslobodtsev K. G., Mukasheva E. A., Garina E. O., Oskerko T. A., Aristova V. A., Vartanian R. V., Kisteneva L. B., Deryabin P. G., Prilipov A. G., Alkhovsky S. V., Kruzhkova I. S., Bazarova M. V., Deviatkin A. V.

https://doi.org/10.18821/0507-4088-2016-61-4-159-166

Abstract

This work describes the specific features of the influenza virus circulating in the period from October 2015 to March 2016 in 10 cities of Russia, the basic laboratories of CEEI at the D.I. Ivanovsky Institute of Virology “Federal Research Centre of Epidemilogy and Microbiology named after the honorary academician N.F. Gamaleya” of the Ministry of Health of the Russian Federation. The increase in the morbidity caused by influenza viruses was detected in January-February 2016. The duration of the morbidity peak was 4-5 weeks. The most vulnerable group included children at the age from 3 to 6; a high rate of hospitalization was also detected among people at the age of 15-64 (65%). In clinic symptoms there were middle and severe forms with high frequency of hospitalization as compared with the season of 2009-2010, but much higher in comparison with the season of 2014-2015. Some of the hospitalized patients had virus pneumonias, half of which were bilateral. Among these patients, 10% were children; 30%, adults. The mortality in the intensive care unit of the hospital was 46%. Almost all lethal cases were among unvaccinated patients in the case of late hospitalization and without early antiviral therapy. The predominance of the influenza A(H1N1)09pdm virus both in the Russian Federation and the major part of the countries in the Northern hemisphere was noted. The results of the study of the antigenic properties of influenza strains of A(H1N1)pdm09 virus did not reveal any differences with respect to the vaccine virus. The sequencing data showed the amino acid substitutions in hemagglutinin (receptor binding and Sa sites) and in genes encoding internal proteins (PA, NP, M1, NS1). Strains were sensitive to oseltamivir and zanamivir and maintained resistance to rimantadine. The participation of non-influenza ARI viruses was comparable to that in preliminary epidemic seasons.

References

1. L'vov D.K., Burtseva E.I., Prilipov A.G., Kolobukhina L.V., Merkulova L.N., Deryabin P.G. i dr. Izolyatsiya 24.05.2009 g. i deponirovanie v Gosudarstvennuyu kollektsiyu virusov (GKV № 2452 ot 24.05.2009 g.) pervogo shtamma A/IIV-Moscow/01/2009 (H1N1) swl, podobnogo svinomu virusu A (H1N1) ot pervogo vyyavlennogo 21.05.2009 g. bol'nogo v g. Moskve. Voprosy virusologii. 2009; 54 (5): 10-4.

2. Karpova L.S., Sominina A.A., Burtseva E.I., Pelikh M.Yu., Feodoritova E.L., Popovtseva N.M. i dr. Sravnenie epidemii grippa v Rossii, vyzvannykh pandemicheskim virusom grippa A (H1N1) pdm09 v period s 2009 po 2013 g. Voprosy virusologii. 2015; 60 (3): 19-25.

3. L'vov D.K., Burtseva E.I., Kolobukhina L.V., Deryabin P.G., Kirillova E.S., Trushakova S.V. i dr. Osobennosti epidemicheskogo sezona 2014/2015 gg. po grippu v raznykh regionakh Rossii. Infektsionnye bolezni. 2015; 13 (4): 59-67.

4. Vydelenie virusov grippa v kletochnykh kul'turakh i kurinykh embrionakh i ikh identifikatsiya: Metodicheskie rekomendatsii (utverzhdeny FS po nadzoru v sfere zashchity prav potrebitelei i blagopoluchiya cheloveka ot 18 aprelya 2006 g. N.0100/4430-06-34). M.; 2006.

5. L'vov D.K., Burtseva E.I., Prilipov A.G., Bogdanova V.S., Shchelkanov M.Yu., Bovin N.V. i dr. Vozmozhnaya svyaz' letal'noi pnevmonii s mutatsiyami pandemicheskogo virusa grippa A/H1N1 swl v retseptorsvyazyvayushchem saite sub\"edinitsy HA1 gemagglyutinina. Voprosy virusologii. 2010; 55 (4): 4-9.

6. L'vov D.K., Yashkulov K.B., Prilipov A.G., Burtseva E.I., Shlyapnikova O.V., Poglazov A.B. i dr. Obnaruzhenie aminokislotnykh zamen asparaginovoi kisloty na glitsin i asparagin v retseptor svyazyvayushchem saite gemagglyutinina v variantakh pandemicheskogo virusa grippa A/H1N1 ot bol'nykh s letal'nym iskhodom i so srednetyazheloi formoi zabolevaniya. Voprosy virusologii. 2010; 55 (3): 15-9.

7. Cait Evropeiskogo VOZ. Available at: http://flunewseurope.org.

8. Cait Tsentrov po kontrolyu za zabolevaemost'yu i profilaktike (CDC&P), Atlanta SShA. Available at: http://www.cdc.gov/flu/weekly/index.htm.

9. Chuchalin A.G. Gripp: uroki pandemii (klinicheskie aspekty). Pul'monologiya. 2010; Prilozhenie 1: 3-8.