Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020; 97: 140-149
Роль вирусов гриппа в развитии тяжелых форм острых респираторных инфекций у пациентов, госпитализированных в стационары г. Екатеринбурга в эпидемический сезон 2017–2018 гг.
https://doi.org/10.36233/0372-9311-2020-97-2-140-149Аннотация
Цель. Изучить роль вирусов гриппа в развитии тяжелых форм острых респираторных инфекций (ТОРИ) у пациентов, госпитализированных в стационары Екатеринбурга в период эпидемического сезона 2017-2018 гг.
Материалы и методы. Проведен ретроспективный эпидемиологический анализ заболеваемости гриппом в г. Екатеринбурге, изучены 403 индивидуальные карты больных, госпитализированных с гриппом и ТОРИ в стационары города, проведены диагностические исследования респираторных вирусных инфекций методом полимеразной цепной реакции.
Результаты. За период эпидемического подъема переболело 27,0% населения г. Екатеринбурга, госпитализировано 1,8%. В исследование включено 5,6% госпитализированных пациентов. Частота обнаружения РНК вирусов гриппа А и В в материалах от госпитализированных больных с ТОРИ составила 28,3%. Частота ПЦР-детекции вирусов гриппа В линии Ямагата, A(H1N1)pdm09, A(H3N2) составила 46,5, 20,2 и 10,5% соответственно.
Заключение. Результаты проведенных исследований свидетельствуют о том, что вирусы гриппа остаются значимыми возбудителями ТОРИ, требующих госпитализации. Среди пациентов с ТОРИ, включенных в исследование, наибольшая заболеваемость отмечалась среди детей младшей возрастной группы и была обусловлена преимущественно вирусами гриппа В линии Ямагата и гриппа A(H1N1)pdm09. По результатам молекулярно-генетического исследования вирусы гриппа A(H1N1)pdm09 принадлежали к клайду 6B.1, несли характерные аминокислотные замены в гемагглютинине S84N, S162N (с приобретением потенциального сайта гликозилирования) и I216T и были подобны вакцинному штамму A/Michigan/45/2015. Исследованные вирусы гриппа B относились к линии Ямагата, клайду 3. Вирус гриппа B/Ekaterinburg/RII-4723S/2018 отличался от референс-штамма B/Phuket/3073/2013 двумя аминокислотными заменами в гене гемагглютинина M251V и L172Q.
Список литературы
1. Святченко C.B., Дурыманов А.Г., Суслопаров И.М., Колосова Н.П., Гончарова Н.И., Петрова О.В. и др. Тяжелые случаи заболевания гриппом на территории Российской Федерации в течение эпидемических сезонов 2015—2016 и 2016–2017. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2018; (1): 32-9. DOI: http://doi.org/10.36233/0372-9311-2018-1-32-39
2. Garten R.J., Davis C.T., Russell C.A., Shu B., Lindstrom S., Balish A., et al. Antigenic and genetic characteristics of the early isolates of swine-origin 2009 A(H1N1) influenza viruses circulating in humans. Science. 2009, 325(5937): 197-201. DOI: http://doi.org/10.1126/science.1176225
3. Tumpey T.M., Maines T.R., Van Hoeven N., Glaser L., Solórzano A., Pappas C., et al. A two-amino acid change in the hemagglutinin of the 1918 influenza virus abolishes transmission. Science. 2007; 315(5812): 655-9. DOI: http://doi.org/10.1126/science.1136212
4. Wagner R., Matrosovich M., Klenk H.D. Functional balance between haemagglutinin and neuraminidase in influenza virus infections. Rev. Med. Virol. 2002; 12(3): 159-66. DOI: http://doi.org/10.1002/rmv.352
5. Woyessa A.B., Mengesha M., Belay D., Tayachew A., Ayele W., Beyene B., et al. Epidemiology of influenza in Ethiopia: findings from influenza sentinel surveillance and respiratory infection outbreak investigations, 2009–2015. BMC Infect. Dis. 2018; 18(1): 449. DOI: http://doi.org/10.1186/s12879-018-3365-5
6. Брико Н.И., Салтыкова Т.С., Герасимов А.Н., Суранова Т.Г., Поздняков А.А., Жигарловский Б.А. Клинико-эпидемиологическая характеристика гриппа в 2015–2016 и 2016–2017 гг. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2017; (4): 4-13.
7. Canela L.N.P., Magalhães-Barbosa M.C., Raymundo C.E., Carney S., Siqueira M.M., Prata-Barbosa A., et al. Viral detection profile in children with severe acute respiratory infection. Braz. J. Infect. Dis. 2018; 22(5): 402-11. DOI: http://doi.org/10.1016/j.bjid.2018.09.001
8. Соминина А.А., Смородинцева Е.А., Столяров К.А., Мельникова А.А. Совершенствование системы надзора за гриппом в Российской Федерации: основные результаты сигнального надзора за гриппом и другими острыми респираторными вирусными инфекциями. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2017; 16(2): 7-15.
9. Choi S.H., Hong S.B., Ko G.B., Lee Y., Park H.J., Park S.Y., et al. Viral infection in patients with severe pneumonia requiring intensive care unit admission. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2012; 186(4): 325-32. DOI: http://doi.org/10.1164/rccm.201112-2240OC
10. Meerhoff T.J., Simaku A., Ulqinaku D., Torosyan L., Gribkova N., Shimanovich V., et al. Surveillance for severe acute respiratory infections (SARI) in hospitals in the WHO European region — an exploratory analysis of risk factors for a severe outcome in influenza-positive SARI cases. BMC Infect. Dis. 2015; 15: 1. DOI: http://doi.org/10.1186/s12879-014-0722-x
11. Mjid M., Cherif J., Toujani S., Mokkadem S., Saada I., Ben Salah N., et al. Infuenzae A (H1N1): about 189 cases. Tunis Med. 2014; 92(12): 748-51. (in French)
12. Руководство Европейского регионального бюро ВОЗ по дозорному эпиднадзору за гриппом среди людей. 2011. Available at: http://www.euro.who.int/__data/assets/pdf_file/0003/90444/e92738R.pdf
13. Zhou B., Wentworth D.E. Influenza A virus molecular virology techniques. In: Kawaoka Y., Neumann G., eds. Influenza Virus. Methods in Molecular Biology (Methods and Protocols). Volume 865. Clifton: Humana Press; 2012.
14. Zhou B., Lin X., Wang W., Halpin R.A., Bera J., Stockwell T.B., et al. Universal influenza B virus genomic amplification facilitates sequencing, diagnostics, and reverse genetics. J. Clin. Microbiol. 2014; 52(5): 1330-7. DOI: http://doi.org/10.1128/JCM.03265-13
15. Stamatakis A. RAxML-VI-HPC: Maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models. Bioinformatics. 2006; 22(21): 2688-90. DOI: http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl446
Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology. 2020; 97: 140-149
The role of influenza viruses in the development of severe acute respiratory infection in patients admitted to Yekaterinburg hospitals during 2017–2018 epidemic season
https://doi.org/10.36233/0372-9311-2020-97-2-140-149Abstract
Objective. To study the role of influenza viruses in the development of severe acute respiratory infections (SARI) in patients admitted to Yekaterinburg hospitals during 2017-2018 epidemic season.
Materials and Methods. A retrospective epidemiological analysis of influenza incidence in Yekaterinburg was conducted, 403 influenza and acute respiratory viral infections case sheets were studied, and PCR analysis of clinical samples from the patients for respiratory viral infections was performed.
Results. During the epidemic period a total 27.0% of the Yekaterinburg population were reported with influenza and other SARI, with 1.8% patients hospitalized. 5.6% of the total number of patients admitted with influenza and SARI in Yekaterinburg hospitals were included in the study. The rate of the detection of influenza A and B viruses RNA in the clinical samples from the patients with SARI was 28.3%. The rates of the detection in PCR of influenza B/Yamagata, A(H1N1)pdm09 and A(H3N2) were 46.5, 20.2 and 10.5%, respectively.
Conclusion. The study results indicated that influenza viruses remain significant pathogens of respiratory infections that required hospitalization. Among patients with SARI the highest incidence was observed in children of a younger age group and was mainly associated with influenza B virus of Yamagata lineage and influenza A virus (H1N1)pdm09. According to the results of a molecular genetic study, influenza A (H1N1) pdm09 viruses belonged to clade 6B.1, carried characteristic amino acid substitutions in hemagglutinin S84N, S162N (with the acquisition of a potential glycosylation site) and I216T and were similar to the A/Michigan/45/2015 vaccine strain. The influenza B viruses studied belonged to the Yamagata lineage, clade 3. The influenza B/Ekaterinburg /RII-4723S/2018 virus differed from the reference strain B/Phuket/3073/2013 by two amino acid substitutions in the hemagglutinin gene M251V and L172Q.
References
1. Svyatchenko C.B., Durymanov A.G., Susloparov I.M., Kolosova N.P., Goncharova N.I., Petrova O.V. i dr. Tyazhelye sluchai zabolevaniya grippom na territorii Rossiiskoi Federatsii v techenie epidemicheskikh sezonov 2015—2016 i 2016–2017. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2018; (1): 32-9. DOI: http://doi.org/10.36233/0372-9311-2018-1-32-39
2. Garten R.J., Davis C.T., Russell C.A., Shu B., Lindstrom S., Balish A., et al. Antigenic and genetic characteristics of the early isolates of swine-origin 2009 A(H1N1) influenza viruses circulating in humans. Science. 2009, 325(5937): 197-201. DOI: http://doi.org/10.1126/science.1176225
3. Tumpey T.M., Maines T.R., Van Hoeven N., Glaser L., Solórzano A., Pappas C., et al. A two-amino acid change in the hemagglutinin of the 1918 influenza virus abolishes transmission. Science. 2007; 315(5812): 655-9. DOI: http://doi.org/10.1126/science.1136212
4. Wagner R., Matrosovich M., Klenk H.D. Functional balance between haemagglutinin and neuraminidase in influenza virus infections. Rev. Med. Virol. 2002; 12(3): 159-66. DOI: http://doi.org/10.1002/rmv.352
5. Woyessa A.B., Mengesha M., Belay D., Tayachew A., Ayele W., Beyene B., et al. Epidemiology of influenza in Ethiopia: findings from influenza sentinel surveillance and respiratory infection outbreak investigations, 2009–2015. BMC Infect. Dis. 2018; 18(1): 449. DOI: http://doi.org/10.1186/s12879-018-3365-5
6. Briko N.I., Saltykova T.S., Gerasimov A.N., Suranova T.G., Pozdnyakov A.A., Zhigarlovskii B.A. Kliniko-epidemiologicheskaya kharakteristika grippa v 2015–2016 i 2016–2017 gg. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni. Aktual'nye voprosy. 2017; (4): 4-13.
7. Canela L.N.P., Magalhães-Barbosa M.C., Raymundo C.E., Carney S., Siqueira M.M., Prata-Barbosa A., et al. Viral detection profile in children with severe acute respiratory infection. Braz. J. Infect. Dis. 2018; 22(5): 402-11. DOI: http://doi.org/10.1016/j.bjid.2018.09.001
8. Sominina A.A., Smorodintseva E.A., Stolyarov K.A., Mel'nikova A.A. Sovershenstvovanie sistemy nadzora za grippom v Rossiiskoi Federatsii: osnovnye rezul'taty signal'nogo nadzora za grippom i drugimi ostrymi respiratornymi virusnymi infektsiyami. Epidemiologiya i vaktsinoprofilaktika. 2017; 16(2): 7-15.
9. Choi S.H., Hong S.B., Ko G.B., Lee Y., Park H.J., Park S.Y., et al. Viral infection in patients with severe pneumonia requiring intensive care unit admission. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2012; 186(4): 325-32. DOI: http://doi.org/10.1164/rccm.201112-2240OC
10. Meerhoff T.J., Simaku A., Ulqinaku D., Torosyan L., Gribkova N., Shimanovich V., et al. Surveillance for severe acute respiratory infections (SARI) in hospitals in the WHO European region — an exploratory analysis of risk factors for a severe outcome in influenza-positive SARI cases. BMC Infect. Dis. 2015; 15: 1. DOI: http://doi.org/10.1186/s12879-014-0722-x
11. Mjid M., Cherif J., Toujani S., Mokkadem S., Saada I., Ben Salah N., et al. Infuenzae A (H1N1): about 189 cases. Tunis Med. 2014; 92(12): 748-51. (in French)
12. Rukovodstvo Evropeiskogo regional'nogo byuro VOZ po dozornomu epidnadzoru za grippom sredi lyudei. 2011. Available at: http://www.euro.who.int/__data/assets/pdf_file/0003/90444/e92738R.pdf
13. Zhou B., Wentworth D.E. Influenza A virus molecular virology techniques. In: Kawaoka Y., Neumann G., eds. Influenza Virus. Methods in Molecular Biology (Methods and Protocols). Volume 865. Clifton: Humana Press; 2012.
14. Zhou B., Lin X., Wang W., Halpin R.A., Bera J., Stockwell T.B., et al. Universal influenza B virus genomic amplification facilitates sequencing, diagnostics, and reverse genetics. J. Clin. Microbiol. 2014; 52(5): 1330-7. DOI: http://doi.org/10.1128/JCM.03265-13
15. Stamatakis A. RAxML-VI-HPC: Maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models. Bioinformatics. 2006; 22(21): 2688-90. DOI: http://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl446
