ВЫЯВЛЕНИЕ INDEL-МАРКЕРОВ В ГЕНОМАХ ШТАММОВ BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI ДЛЯ ВНУТРИВИДОВОГО ГЕНОТИПИРОВАНИЯ

Главная

Статья в Elpub

РУС ENG

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2017; : 35-41

ВЫЯВЛЕНИЕ INDEL-МАРКЕРОВ В ГЕНОМАХ ШТАММОВ BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI ДЛЯ ВНУТРИВИДОВОГО ГЕНОТИПИРОВАНИЯ

Леденева М. Л., Водопьянов А. С., Ткаченко Г. А., Водопьянов С. О., Савченко С. С., Шпак И. М.

https://doi.org/10.36233/0372-9311-2017-4-35-41

Аннотация

Цель. Поиск потенциальных 1NDEL-маркеров в геномах штаммов Burkholderia pseudomallei, а также оценка возможности их использования для внутривидового генотипирования. Материалы и методы. Изучены полногеномные последовательности 25 штаммов В. pseudomallei с известными географическими регионами выделения из базы данных GenBank. Поиск INDEL-маркеров осуществляли с использованием авторского программного обеспечения GeneExpert. Кластерный анализ проводили с помощью генетической дистанции по R. Sokal и С. Michener и метода ближайшего связывания. Результаты. Выявлено 11 1NDEL- маркеров, которые позволили разделить исследуемые штаммы на 13 генотипов. Определен спектр INDEL-паттернов, характерный для австралийских штаммов. Показана возможность существования определенных филогеографических паттернов таиландских изолятов. Заключение. Выявлена возможность INDEL-маркеров дифференцировать изоляты В. pseudomallei на две географические популяции (астралийского и юго-восточноазиатского происхождения), которая позволит определять источник вспышки мелиоидоза и пути распространения возбудителя.

Список литературы

1. Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Мишанькин Б.Н., Олейников И.П. Алгоритм компьютерного VNTR-типирования на основе неполных сиквенсов ДНК-штаммов Vibrio cholerae, выделенных на Гаити в 2010 г. ЗНиСО. 2013, 3: 28-30.

2. Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Олейников И.П., Мишанькин Б.Н., Кругликов В.Д., Архангельская И.В., Зубкова Д.А., Ежова М.И. 1NDEL- и VNTR-типирование штаммов Vibrio cholerae, выделенных в 2013 году из объектов окружающей среды на территории Российской Федерации. ЗНиСО. 2015, 5: 41-44.

3. Онищенко Г.Г., Сандахчиев Л.С., Нетесов С.В., Мартынюк Р.А. Биотерроризм: национальная и глобальная угроза. Вестник РАМН. 2003, 3: 195-204.

4. Badran S., Pedersen T.I., Roed С. et al. Imported melioidosis in Danish travellers: a diagnostic challenge. Scand. J. Infect. Dis. 2010, 42: 445-449.

5. Currie B.J., Haslem A., Pearson T. et al. Identification of melioidosis outbreak by multilocus variable number tandem repeat analysis. Emerg. Infect. Dis. 2009, 15: 169-174.

6. Hesstvedt L., Wilhelmsen M., Mengshoel A.G. et al. Two Norwegian patients with melioidosis presenting with bacteraemia and splenic and prostatic abscesses. J. Travel. Med. 2011, 18: 418-421.

7. Larsson P., Svensson K., Karlsson L. et al. Canonical insertion-deletion markers for rapid DN A typing of Francisella tularensis. Emerg. Infect.Dis. 2007, 13: 1725-1732.

8. Liguori A.P.,Warrington S.D.,Ginther J.L.etal. Diversity of 16S-23SrDNA Internal Transcribed Spacer (ITS) reveals phylogenetic relationships in Burkholderia pseudomallei and its nearneighbors. PLoS One. 2011, 6: e29323.

9. Limmathurotsakul D., Golding N., Dance D.A. et al. Predicted global distribution of and burden of melioidosis. Nat. Microbial. 2016, 1: 15008.

10. Oka K., Asari M., Omura T. et al. Genotyping of 38 insertion/deletion polymorphisms for human identification using universal fluorescent PCR. Mol. Cell. Probes. 2014, 28: 13-18.

11. Saitou N., Nei M. The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol. 1987, 4: 406-425.

12. Santos E.P., Vinuesa P, Martinez-Aguilar L. et al. Phylogenetic analysis of Burkholderia species by multilocus sequence analysis. Curr. Microbiol. 2013, 67: 51-60.

13. Sawana A., Adeolu M., Gupta R.S. Molecular signatures and phylogenomic analysis of the genus Burkholderia: proposal for division of this genus into the emended genus Burkholderia containing pathogenic organisms and a new genus Paraburkholderia gen. nov. harboring environmental species. Front. Genet. 2014, 5: 1-22.

14. Sokal R.R., Michener C.D. A statistical method for evaluating systematic relationships. University of Kansas Science Bulletin. 1958, 38: 1409-1438.

Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology. 2017; : 35-41

DETECTION OF INDEL-MARKERS IN GENOMES OF BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI STRAINS FOR INTRA-SPECIES GENOTYPING

Ledeneva M. L., Vodopianov A. S., Tkachenko G. A., Vodopianov S. O., Savchenko S. S., Shpak I. M.

https://doi.org/10.36233/0372-9311-2017-4-35-41

Abstract

Aim. Search for potential INDEL-markers in genomes of Burkholderia pseudomallei strains, as well as evaluation of the possibility of their use for intra-species genotyping. Materials and methods. Full-genome sequences of 25 В. pseudomallei strains with known geographic regions of isolation from GenBank database were studied. INDEL-marker search was carried out using authors’ program Gene Expert. Cluster analysis was carried out using genetic distance by R. Sokal and C. Michener and neighbor joining method. Results. 11 INDEL-markers were detected that allowed to split the studied strains into 13 genotypes. Spectrum of INDEL-patterns characteristic for Australian strains was determined. A possibility of existence of certain phylogeographic patterns of Thailand isolates is shown. Conclusion. A possibility of INDEL-markers to differentiate isolates of B. pseudomallei into 2 geographic populations (Australian and South-eastern Asia origin) that allows to determine the source of melioidosis outbreak and transmission routes of the pathogen is detected.

References

1. Vodop'yanov A.S., Vodop'yanov S.O., Mishan'kin B.N., Oleinikov I.P. Algoritm komp'yuternogo VNTR-tipirovaniya na osnove nepolnykh sikvensov DNK-shtammov Vibrio cholerae, vydelennykh na Gaiti v 2010 g. ZNiSO. 2013, 3: 28-30.

2. Vodop'yanov A.S., Vodop'yanov S.O., Oleinikov I.P., Mishan'kin B.N., Kruglikov V.D., Arkhangel'skaya I.V., Zubkova D.A., Ezhova M.I. 1NDEL- i VNTR-tipirovanie shtammov Vibrio cholerae, vydelennykh v 2013 godu iz ob\"ektov okruzhayushchei sredy na territorii Rossiiskoi Federatsii. ZNiSO. 2015, 5: 41-44.

3. Onishchenko G.G., Sandakhchiev L.S., Netesov S.V., Martynyuk R.A. Bioterrorizm: natsional'naya i global'naya ugroza. Vestnik RAMN. 2003, 3: 195-204.

4. Badran S., Pedersen T.I., Roed S. et al. Imported melioidosis in Danish travellers: a diagnostic challenge. Scand. J. Infect. Dis. 2010, 42: 445-449.