ПОДВИДОВАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ШТАММОВ YERSINIA PESTIS МЕТОДОМ ПЦР С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ

Главная

Статья в Elpub

РУС ENG

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2017; : 22-27

ПОДВИДОВАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ШТАММОВ YERSINIA PESTIS МЕТОДОМ ПЦР С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ

Никифоров К. А., Оглодин Е. Г., Куклева Л. М., Ерошенко Г. А., Германчук В. Г., Девдариани З. Л., Кутырев В. В.

https://doi.org/10.36233/0372-9311-2017-2-22-27

Аннотация

Цель. Разработка способа дифференциации штаммов Y.pestis разных подвидов на основе метода ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов в режиме реального времени. Материалы и методы. Поиск ДНК мишеней для дифференциации подвидов возбудителя чумы проводили с помощью программ Mauve 2.3.1, Mega 5.0 и апгоритма BLAST на основе сравнения полногеномных последовательностей секвенированных штаммов Y.pestis. На найденные ДНК мишени рассчитывали праймеры и зонды в формате TaqMan, оптимизировали условия проведения ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов. Результаты. Найдены ДНК мишени, несущие мутации, маркерные для штаммов кавказского, алтайского, гиссарского, улегейского подвидов, штаммов из Таласского высокогорного очага чумы. Эффективность найденных ДНК мишеней и разработанного способа подвидовой дифференциации подтверждена на 101 штамме Y.pestis разных подвидов, выделенных в природных очагах России, ближнего и дальнего зарубежья. Заключение. Разработанный способ на основе метода ПЦР с регистрацией результатов в режиме реального времени обеспечивает проведение быстрой и эффективной дифференциации штаммов Y.pestis разных подвидов.

Список литературы

1. ЕгюшенкоГ.А., Одиноков Г.Н., Куклева Л.М., Павлова А.И., КрасновЯ.М., Шавина Н Ю., Гусева Н.П., Виноградова Н.А., Кутырев В.В. Стандартный алгоритм молекулярного типирования штаммов Yersinia pestis. Журн. микробиол. 2012, 3:25-35.

2. Кчтырев В.В., Проценко О.А. Классификация и молекулярно-генетические исследования Yersinia pestis. Проблемы особо опасных инфекций. 1998, 1:11 -12.

3. Лабораторная диагностика опасных инфекционных болезней. Практическое руководство. Под ред. Г.Г. Онищенко, В.В. Кутырева. М., Шико, 2013.

4. Одиноков Г.Н., Никифоров К.А., Куклева Л.М., Краснов Я.М., Ерошенко Г.А., Кутырев В.В. Способ подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы методом полимеразной цепной реакции. Патент РФ № 2552611. Бюл. № 16, 2015.

5. Одиноков Г.Н., ПавловаА.И., АнисимоваЛ.В., Ерошенко ГА.,. Кутырев В.В. Способ дифференциации штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов и возбудителя псевдотуберкулеза методом полимеразной цепной реакции. Патент РФ № 2425891. Бюл. №16, 2011.

6. Природные очаги чумы Кавказа, Прикаспия, Средней Азии и Сибири. Под ред. Г.Г.Онищенко, В.В.Кутырева. М., Медицина, 2004.

Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology. 2017; : 22-27

SUBSPECIES DIFFERENTIATION OF YERSINIA PESTIS STRAINS BY PCR WITH HYBRIDIZATION-FLUORESCENT DETECTION

Nikiforov K. A., Oglodin E. G., Kukleva L. M., Eroshenko G. A., Germanchuk V. G., Devdanani Z. L., Kutyrev V. V.

https://doi.org/10.36233/0372-9311-2017-2-22-27

Abstract

Aim. Develop a method of differentiation of Y.pestis strains of different subspecies based on PCR with hybridization-fluorescent detection in real-time. Materials and methods. DNA target search for differentiation of subspecies of plague causative agent was carried out by Mauve 2.3.1, Mega 5.0 and BLAST algorithm based on comparison offull-genome sequences of Y.pestis strains. Primers and TaqMan probes were calculated for the DNA targets found, conditions of PCR with hybridization-fluorescent detection - optimized. Results. DNA targets carrying marker mutations for the caucasus, altai, gissar, ulegei subspecies, strains from Talass alpine plague reservoir were detected. The effectiveness of the DNA targets found and the developed approach of subspecies differentiation is confirmed on 101 Y.pestis strains of different subspecies, isolated from natural foci of Russia, near and far abroad. Conclusion. The developed approach based on PCR with real-time detection allows for a rapid and effective differentiation of Y.pestis strains of various subspecies.

References

1. EgyushenkoG.A., Odinokov G.N., Kukleva L.M., Pavlova A.I., KrasnovYa.M., Shavina N Yu., Guseva N.P., Vinogradova N.A., Kutyrev V.V. Standartnyi algoritm molekulyarnogo tipirovaniya shtammov Yersinia pestis. Zhurn. mikrobiol. 2012, 3:25-35.

2. Kchtyrev V.V., Protsenko O.A. Klassifikatsiya i molekulyarno-geneticheskie issledovaniya Yersinia pestis. Problemy osobo opasnykh infektsii. 1998, 1:11 -12.

3. Laboratornaya diagnostika opasnykh infektsionnykh boleznei. Prakticheskoe rukovodstvo. Pod red. G.G. Onishchenko, V.V. Kutyreva. M., Shiko, 2013.

4. Odinokov G.N., Nikiforov K.A., Kukleva L.M., Krasnov Ya.M., Eroshenko G.A., Kutyrev V.V. Sposob podvidovoi differentsiatsii shtammov vozbuditelya chumy metodom polimeraznoi tsepnoi reaktsii. Patent RF № 2552611. Byul. № 16, 2015.

5. Odinokov G.N., PavlovaA.I., AnisimovaL.V., Eroshenko GA.,. Kutyrev V.V. Sposob differentsiatsii shtammov vozbuditelya chumy osnovnogo i neosnovnykh podvidov i vozbuditelya psevdotuberkuleza metodom polimeraznoi tsepnoi reaktsii. Patent RF № 2425891. Byul. №16, 2011.

6. Prirodnye ochagi chumy Kavkaza, Prikaspiya, Srednei Azii i Sibiri. Pod red. G.G.Onishchenko, V.V.Kutyreva. M., Meditsina, 2004.

ПОДВИДОВАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ШТАММОВ YERSINIA PESTIS МЕТОДОМ ПЦР С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ

Аннотация

SUBSPECIES DIFFERENTIATION OF YERSINIA PESTIS STRAINS BY PCR WITH HYBRIDIZATION-FLUORESCENT DETECTION

Abstract

События

EasyCookieInfo