Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2021; 98: 163-175
Результаты мониторинга холеры на административных территориях России в период с 2013 по 2019 год
https://doi.org/10.36233/0372-9311-56Аннотация
Цель. Проведение динамического сравнительного анализа результатов идентификации изолятов из проб воды и материала от людей, выделенных в ходе мониторинга холеры на всей территории Российской Федерации в 2013–2019 гг.
Материалы и методы. Идентифицировано 385 штаммов Vibrio cholerae серогруппы О1 (один токсигенный V. cholerae O1 El Tor Inaba — Ростовская область, 2014 г.) и R-варианта, выделенных из объектов окружающей среды (ООС) на территории 21 субъекта РФ.
Результаты. Установлено, что 91% штаммов выделены в 7 субъектах РФ: Республике Калмыкия, Краснодарском, Забайкальском, Хабаровском, Приморском краях, Ростовской и Иркутской областях. Атипичными по агглютинабельности были 2,3% штаммов, а по фагочувствительности — 75,3%. Фаготипы определены у 13,2% штаммов, изолированных на 11 административных территориях. К фаготипу 11 относилось 48,8% штаммов, выделенных в основном в Забайкальском крае. Идентифицировано 46 нетоксигенных штаммов V. cholerae nonО1/nonO139, изолированных от 43 больных острыми кишечными инфекциями и отитами в 8 субъектах РФ. Проведено ПЦР-типирование 377 нетоксигенных штаммов V. cholerae, выявлена их принадлежность к 13 кластерам и 71 генотипу. Обнаружены штаммы с уникальными генотипами (вероятный занос) и с одинаковыми генотипами, которые встречались в разные годы на территориях многих или одного субъекта РФ, что свидетельствует о распространенности штаммов в ООС на территории страны.
Заключение. Результаты позволили охарактеризовать эпидемиологическую ситуацию по холере в России (по показателю контаминации ООС V. cholerae О1) как неустойчивую, но не претерпевшую существенных изменений за истёкший 7-летний период, что имеет значение при обосновании прогноза её дальнейшего развития.
Список литературы
1. Москвитина Э.А., Янович Е.Г., Кругликов В.Д., Титова С.В., Куриленко М.Л., Пичурина Н.Л. и др. Прогноз по холере на 2019 г. на основании анализа эпидемиологической обстановки в мире, СНГ и России в 2009-2018 гг. Проблемы особо опасных инфекций. 2019; (1): 64–73. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2019-1-64-73
2. Seventy-first world health assembly. Cholera prevention and control; 2018. Agenda item 11.2. Avilable at: https://apps.who.int/gb/ebwha/pdf_files/WHA71/A71_R4-en.pdf
3. Миронова Л.В. Современные представления о закономерностях эпидемического процесса при холере: экологические и молекулярно-биологические аспекты. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2018; 23(5): 242–50. https://doi.org/10.18821/1560-9529-2018-23-5-242-250
4. Онищенко Г.Г., Попова А.Ю., Кутырев В.В., Смирнова Н.И., Щербакова С.А., Москвитина Э.А. и др. Актуальные проблемы эпидемиологического надзора, лабораторной диагностики и профилактики холеры в Российской Федерации. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2016; 93(1): 89–101. https://doi.org/10.36233/0372-9311-2016-1-89-101
5. Смирнова Н.И., Агафонова Е.Ю., Щелканова Е.Ю., Агафонов Д.А., Краснов Я.М., Ливанова Л.Ф. и др. Геномное разнообразие нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae О1, выделенных на территории России и сопредельных стран. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2018; 36(2): 76–84. https://doi.org/10.18821/0208-0613-2018-36-2-76-84
6. Агафонова Е.Ю., Смирнова Н.И., Альхова Ж.В., Краснов Я.М., Ливанова Л.Ф., Лозовский Ю.В. и др. Нетоксигенные штаммы Vibrio cholerae биовара Эль Тор, выделенные на территории России: молекулярно-генетические особенности и патогенные свойства. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2019; 96(2): 13–24. https://doi.org/10.36233/0372-9311-2019-2-13-24
7. Миронова Л.В., Бочалгин Н.О., Гладких А.С., Феранчук С.И., Пономарева А.С., Балахонов С.В. Филогенетическое положение и особенности структуры геномов ctxAB– tcpA+ Vibrio cholerae из поверхностных водоемов на неэндемичной по холере территории. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; (1): 115–23. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-1-115-123
8. Monakhova E.V. Phenotypic and molecular characteristics of epidemic and non-epidemic Vibrio cholerae strains isolated in Russia and certain countries of Commonwealth of Independent States (CIS). In: Ramamurthy T., Bhattacharya S.K., eds. Epidemiological and Molecular Aspects on Cholera. New York: Springer Science+Business Media; 2011: 51–78. https://doi.org/10.1007/978-1-60327-265-0_4
9. Монахова Е.В., Архангельская И.В. Холерные вибрионы неО1/неО139 серогрупп в этиологии острых кишечных инфекций: современная ситуация в России и в мире. Проблемы особо опасных инфекций. 2016; (2): 14–23. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2016-2-14-23
10. Крицкий А.А., Заднова С.П., Плеханов Н.А., Челдышова Н.Б., Смирнова Н.И. Адаптационные свойства типичных и генетических измененных штаммов Vibrio cholerae биовара El Tor в условиях недостатка питательных веществ. В кн.: Молекулярная диагностика — 2018. Сборник трудов Международной научно-практической конференции. М.; 2018: 448–9.
11. Кульшань Т.А., Заднова С.П., Челдышева Н.Б., Смирнова Н.И. Оценка функциональных особенностей и стрессоустойчивости изогенных токсигенных и нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae биовара Эль Тор. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2015; 92(3): 11–7.
12. Faruque S.M., Nair G.B. Molecular ecology of toxigenic Vibrio cholerae. Microbiol. Immunol. 2002; 46(2): 59–66. https://doi.org/10.1111/j.1348-0421.2002.tb02659.x
13. Титова С.В., Монахова Е.В., Архангельская И.В., Писанов Р.В., Непомнящая Н.Б. Природные популяции холерных вибрионов как резервуар генов факторов патогенности. Здоровье населения и среда обитания. 2016; (5): 45–7.
14. Левченко Д.А., Кругликов В.Д., Водопьянов А.С., Титова С.В., Архангельская И.В., Непомнящая Н.Б. и др. ГИС: возможности анализа данных фено- и генотипирования холерных вибрионов О1 Эль Тор, изолированных из водных объектов окружающей среды на территории Российской Федерации. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2016; 93(6): 19–25.
15. Зубкова Д.А., Кругликов В.Д., Водопьянов А.С., Непомнящая Н.Б., Шестиалтынова И.С., Архангельская И.В. и др. Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2014621055. Геоинформационная система. Холера 1989-2014; 2014.
16. Левченко Д.А., Кругликов В.Д., Водопьянов А.С., Непомнящая Н.Б. Способ идентификации нетоксигенных штаммов холерных вибрионов О1 серогруппы с помощью ПЦР для выделения генетических детерминант. Патент РФ № 2665542; 2018.
17. Балахонов С.В., Миронова Л.В., Афанасьев М.В., Куликалова Е.С., Остяк А.С. MALDI-TOF масс-спектрометрическое определение видовой принадлежности патогенов в совершенствовании эпидемиологического надзора за опасными инфекционными болезнями. Бактериология. 2016; 1(1): 88–95. https://doi.org/10.20953/2500-1027-2016-1-88-94
18. Писанов Р.В., Ежова М.И., Монахова Е.В., Черкасов А.В., Краснов Я.М., Водопьянов А.С. и др. Особенности структуры генома токсигенного штамма Vibrio сholerae El Tor Инаба, выделенного в 2014 г. из открытого водоема в Ростове-на-Дону. Проблемы особо опасных инфекций. 2015; (2): 63–7. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2015-2-63-67
19. Мазрухо А.Б., Кругликов В.Д., Монахова Е.В., Москвитина Э.А., Шестиалтынова И.С., Подойницына О.А. и др. Результаты мониторинга за холерными вибрионами в акватории Таганрогского залива Азовского моря в 2011-2012 гг. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2013; (6): 39–42.
20. Бочалгин Н.О., Миронова Л.В., Беляева А.С., Балахонов С.В. Разработка схемы полногеномного мультилокусного сиквенс-типирования Vibrio сholerae. В кн.: Холера и патогенные для человека вибрионы: сборник статей Проблемной комиссии (48.04) Координационного совета по санитарной охране территории Российской Федерации. Выпуск 32. Новосибирск: Типография Продвижение; 2019: 162–3.
21. Kumar P., Thulaseedharan A., Chowdhury G., Ramamurthy T., Thomas S. Characterization of novel alleles of toxin co-regulated pilus A gene (tcpA) from environmental isolates of Vibrio choleraе. Curr. Microbiol. 2011; 62(3): 758–63. https://doi.org/10.1007/s00284-010-9774-3
Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology. 2021; 98: 163-175
Results of cholera monitoring in administrative territories of Russia from 2013 to 2019
https://doi.org/10.36233/0372-9311-56Abstract
Purpose. A dynamic comparative analysis of the results of identification of Vibrio cholerae (V. cholera) isolates from water and human specimens isolated during the monitoring of cholera throughout the Russian Federation in 2013–2019.
Materials and methods. Total 385 strains of V. cholerae O1 serogroup (including one toxigenic V. cholerae O1 El Tor Inaba — Rostov region, 2014) and the R-variant from environment objects were identified in the territory of 21 regions of the Russian Federation.
Results. It was found that 91% of the strains were isolated in 7 regions of the Russian Federation: Republic of Kalmykia, Krasnodar Krai, Transbaikal Krai, Khabarovsk Krai, Primorsky Krai, Rostov region and Irkutsk region. 2.3% of strains were atypical in their agglutinability, and 75.3% of strains had atypical phagosensitivity. Phagotypes were identified for 13.2% of strains isolated in 11 administrative territories. Phageotype 11 included 48.8% of the strains isolated mainly in the Transbaikal Krai. Non-toxigenic strains of V. cholerae nonО1/nonO139 (n = 46) were isolated from 43 patients with acute intestinal infections and otitis in 8 regions of Russia. PCRtyping of 377 non-toxigenic V. cholerae strains demonstrated that they belong to 13 clusters and 71 genotypes. Strains with unique genotypes (probable cases of importation) and with the same genotypes repeatedly isolated in different years in one or several territories of the Russian Federation were identified, indicating the prevalence of strains in environment throughout the country.
Conclusion. The results allowed us to characterize the epidemiological situation of cholera in Russia (in terms of the environment contamination with V. cholerae O1) as unstable, but not significantly changed over the past 7-year period. These data are important for substantiating the forecast for further development of the epidemiological situation.
References
1. Moskvitina E.A., Yanovich E.G., Kruglikov V.D., Titova S.V., Kurilenko M.L., Pichurina N.L. i dr. Prognoz po kholere na 2019 g. na osnovanii analiza epidemiologicheskoi obstanovki v mire, SNG i Rossii v 2009-2018 gg. Problemy osobo opasnykh infektsii. 2019; (1): 64–73. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2019-1-64-73
2. Seventy-first world health assembly. Cholera prevention and control; 2018. Agenda item 11.2. Avilable at: https://apps.who.int/gb/ebwha/pdf_files/WHA71/A71_R4-en.pdf
3. Mironova L.V. Sovremennye predstavleniya o zakonomernostyakh epidemicheskogo protsessa pri kholere: ekologicheskie i molekulyarno-biologicheskie aspekty. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni. 2018; 23(5): 242–50. https://doi.org/10.18821/1560-9529-2018-23-5-242-250
4. Onishchenko G.G., Popova A.Yu., Kutyrev V.V., Smirnova N.I., Shcherbakova S.A., Moskvitina E.A. i dr. Aktual'nye problemy epidemiologicheskogo nadzora, laboratornoi diagnostiki i profilaktiki kholery v Rossiiskoi Federatsii. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2016; 93(1): 89–101. https://doi.org/10.36233/0372-9311-2016-1-89-101
5. Smirnova N.I., Agafonova E.Yu., Shchelkanova E.Yu., Agafonov D.A., Krasnov Ya.M., Livanova L.F. i dr. Genomnoe raznoobrazie netoksigennykh shtammov Vibrio cholerae O1, vydelennykh na territorii Rossii i sopredel'nykh stran. Molekulyarnaya genetika, mikrobiologiya i virusologiya. 2018; 36(2): 76–84. https://doi.org/10.18821/0208-0613-2018-36-2-76-84
6. Agafonova E.Yu., Smirnova N.I., Al'khova Zh.V., Krasnov Ya.M., Livanova L.F., Lozovskii Yu.V. i dr. Netoksigennye shtammy Vibrio cholerae biovara El' Tor, vydelennye na territorii Rossii: molekulyarno-geneticheskie osobennosti i patogennye svoistva. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2019; 96(2): 13–24. https://doi.org/10.36233/0372-9311-2019-2-13-24
7. Mironova L.V., Bochalgin N.O., Gladkikh A.S., Feranchuk S.I., Ponomareva A.S., Balakhonov S.V. Filogeneticheskoe polozhenie i osobennosti struktury genomov ctxAB– tcpA+ Vibrio cholerae iz poverkhnostnykh vodoemov na neendemichnoi po kholere territorii. Problemy osobo opasnykh infektsii. 2020; (1): 115–23. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-1-115-123
8. Monakhova E.V. Phenotypic and molecular characteristics of epidemic and non-epidemic Vibrio cholerae strains isolated in Russia and certain countries of Commonwealth of Independent States (CIS). In: Ramamurthy T., Bhattacharya S.K., eds. Epidemiological and Molecular Aspects on Cholera. New York: Springer Science+Business Media; 2011: 51–78. https://doi.org/10.1007/978-1-60327-265-0_4
9. Monakhova E.V., Arkhangel'skaya I.V. Kholernye vibriony neO1/neO139 serogrupp v etiologii ostrykh kishechnykh infektsii: sovremennaya situatsiya v Rossii i v mire. Problemy osobo opasnykh infektsii. 2016; (2): 14–23. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2016-2-14-23
10. Kritskii A.A., Zadnova S.P., Plekhanov N.A., Cheldyshova N.B., Smirnova N.I. Adaptatsionnye svoistva tipichnykh i geneticheskikh izmenennykh shtammov Vibrio cholerae biovara El Tor v usloviyakh nedostatka pitatel'nykh veshchestv. V kn.: Molekulyarnaya diagnostika — 2018. Sbornik trudov Mezhdunarodnoi nauchno-prakticheskoi konferentsii. M.; 2018: 448–9.
11. Kul'shan' T.A., Zadnova S.P., Cheldysheva N.B., Smirnova N.I. Otsenka funktsional'nykh osobennostei i stressoustoichivosti izogennykh toksigennykh i netoksigennykh shtammov Vibrio cholerae biovara El' Tor. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2015; 92(3): 11–7.
12. Faruque S.M., Nair G.B. Molecular ecology of toxigenic Vibrio cholerae. Microbiol. Immunol. 2002; 46(2): 59–66. https://doi.org/10.1111/j.1348-0421.2002.tb02659.x
13. Titova S.V., Monakhova E.V., Arkhangel'skaya I.V., Pisanov R.V., Nepomnyashchaya N.B. Prirodnye populyatsii kholernykh vibrionov kak rezervuar genov faktorov patogennosti. Zdorov'e naseleniya i sreda obitaniya. 2016; (5): 45–7.
14. Levchenko D.A., Kruglikov V.D., Vodop'yanov A.S., Titova S.V., Arkhangel'skaya I.V., Nepomnyashchaya N.B. i dr. GIS: vozmozhnosti analiza dannykh feno- i genotipirovaniya kholernykh vibrionov O1 El' Tor, izolirovannykh iz vodnykh ob\"ektov okruzhayushchei sredy na territorii Rossiiskoi Federatsii. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2016; 93(6): 19–25.
15. Zubkova D.A., Kruglikov V.D., Vodop'yanov A.S., Nepomnyashchaya N.B., Shestialtynova I.S., Arkhangel'skaya I.V. i dr. Svidetel'stvo o gosudarstvennoi registratsii bazy dannykh № 2014621055. Geoinformatsionnaya sistema. Kholera 1989-2014; 2014.
16. Levchenko D.A., Kruglikov V.D., Vodop'yanov A.S., Nepomnyashchaya N.B. Sposob identifikatsii netoksigennykh shtammov kholernykh vibrionov O1 serogruppy s pomoshch'yu PTsR dlya vydeleniya geneticheskikh determinant. Patent RF № 2665542; 2018.
17. Balakhonov S.V., Mironova L.V., Afanas'ev M.V., Kulikalova E.S., Ostyak A.S. MALDI-TOF mass-spektrometricheskoe opredelenie vidovoi prinadlezhnosti patogenov v sovershenstvovanii epidemiologicheskogo nadzora za opasnymi infektsionnymi boleznyami. Bakteriologiya. 2016; 1(1): 88–95. https://doi.org/10.20953/2500-1027-2016-1-88-94
18. Pisanov R.V., Ezhova M.I., Monakhova E.V., Cherkasov A.V., Krasnov Ya.M., Vodop'yanov A.S. i dr. Osobennosti struktury genoma toksigennogo shtamma Vibrio sholerae El Tor Inaba, vydelennogo v 2014 g. iz otkrytogo vodoema v Rostove-na-Donu. Problemy osobo opasnykh infektsii. 2015; (2): 63–7. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2015-2-63-67
19. Mazrukho A.B., Kruglikov V.D., Monakhova E.V., Moskvitina E.A., Shestialtynova I.S., Podoinitsyna O.A. i dr. Rezul'taty monitoringa za kholernymi vibrionami v akvatorii Taganrogskogo zaliva Azovskogo morya v 2011-2012 gg. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni. 2013; (6): 39–42.
20. Bochalgin N.O., Mironova L.V., Belyaeva A.S., Balakhonov S.V. Razrabotka skhemy polnogenomnogo mul'tilokusnogo sikvens-tipirovaniya Vibrio sholerae. V kn.: Kholera i patogennye dlya cheloveka vibriony: sbornik statei Problemnoi komissii (48.04) Koordinatsionnogo soveta po sanitarnoi okhrane territorii Rossiiskoi Federatsii. Vypusk 32. Novosibirsk: Tipografiya Prodvizhenie; 2019: 162–3.
21. Kumar P., Thulaseedharan A., Chowdhury G., Ramamurthy T., Thomas S. Characterization of novel alleles of toxin co-regulated pilus A gene (tcpA) from environmental isolates of Vibrio cholerae. Curr. Microbiol. 2011; 62(3): 758–63. https://doi.org/10.1007/s00284-010-9774-3
