Журналов:     Статей:        

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2016; : 19-25

ГИС: ВОЗМОЖНОСТИ АНАЛИЗА ДАННЫХ ФЕНО- И ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ХОЛЕРНЫХ ВИБРИОНОВ 01 СЕРОГРУППЫ ЭЛЬ ТОР, ИЗОЛИРОВАННЫХ ИЗ ВОДНЫХ ОБЪЕКТОВ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ НА ТЕРРИТОРИИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Левченко Д. А., Кругликов В. Д., Водопьянов А. С., Титова С. В., Архангельская И. В., Непомнящая Н. Б., Ежова М. И.

https://doi.org/10.36233/0372-9311-2016-6-19-25

Аннотация

Цель. Применение авторской ГИС «Холера 1989-2014» для систематизации атоксигенных штаммов холерных вибрионов 01 серогруппы (ctxAB-tcpA-, ctxAB-tcpA+), выделенных из водных объектов окружающей среды, по фено- и генотипу. Материалы и методы. Изучена выборка из 304 штаммов Vibrio cholerae 01. Проведено выявление 39 генов, связанных с патогенностью. Дискриминационную способность набора генов определяли по формуле Симпсона. Кластерный анализ проводили по методу UPGMA. Результаты. С помощью ГИС был проведен анализ многолетних данных о циркуляции водных штаммов V. cholerae 01 на территории субъектов страны. Показана возможность систематизации фенотипов изолированных штаммов по заданным параметрам. Разработана экспериментальная программа для выявления наличия/отсутствия различных генов и их комбинаций для генотипирования. Заключение. Установлено, что ГИС позволяет проводить анализ фенотипов по заданным параметрам, а также осуществлять ориентировочную систематизацию генотипов атоксигенных штаммов холерных вибрионов 01 по оптимально достаточной детекции 14 генов.
Список литературы

1. Зубкова Д.А., Кругликов В.Д., Архангельская И.В., Водопьянов А.С., Непомнящая Н.Б., Водопьянов С.О. Генетические особенности штаммов холерных вибрионов 01 серогруппы ctxA-tcpA+, выделенных из водных объектов Российской Федерации, охарактеризованные с помощью новой геоинформационной системы. Здоровье населения и среда обитания. 2014, 9: 32 -34.

2. Зубкова Д.А., Кругликов В.Д., Водопьянов А.С., Непомнящая Н.Б., Шестиалтынова И.С., Архангельская И.В., Ежова М.И., Ускова Н.Н. Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2014621055. Геоинформационная система. Холера 1989-2014,2014.

3. Монахова Е.В. Факторы патогенности нехолерогенных штаммов холерных вибрионов. Автореф. дис. д-ра биол. наук. Ростов-на-Дону, 2012.

4. Онищенко Г.Г., Попова А.Ю., Кутырев В.В, Смирнова Н.И., Щербакова С.А., Москвитина Э.А., Титова С.В. Актуальные проблемы эпидемиологического надзора, лабораторной диагностики и профилактики холеры в Российской Федерации. Журн. микробиол. 2016, 1: 89-101.

5. Осина Н.А., Каляева Т.Б., Бугоркова Т.В., Касьян И.А., Оброткина Н.Ф. Результаты мониторинга холерных вибрионов в водных экосистемах на территории Республики Калмыкия. Здоровье населения и среда обитания. 2013, 2 (239): 28-30.

6. Титова С.В., Москвитина Э.А., Кругликов В.Д., Самородова А.В., Тюленева Е.Г., Монахова Е.В., Писанов Р.В., Водопьянов А.С., Архангельская И.В., Иванова С.М., Ковалева Т.В., Водопьянов С.О. Холера: оценка эпидемиологической обстановки в мире и России в 2006-2015 гг. Прогноз на 2016 г. Пробл. особо опасных инф. 2016, 1: 20-27.

Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology. 2016; : 19-25

GIS: CAPABILITIES OF DATA ANALYSIS OF PHENO- AND GENOTYPING OF EL TOR 01 SEROGROUP CHOLERA VIBRIOS ISOLATED FROM AQUATIC OBJECTS OF THE ENVIRONMENT IN RUSSIA FEDERATION

Levchenko D. A., Kruglikov V. D., Vodopianov A. S., Titova S. V., Arkhangelskaya I. V., Nepomnyaschaya N. B., Ezhova M. I.

https://doi.org/10.36233/0372-9311-2016-6-19-25

Abstract

Aim. Application of the authors’ GIS «Cholera 1989-2014» for systematization of atoxigenic strains of serogroup 01 cholera vibrios (ctxAB-tcpA-, ctxAB-tcpA+), isolated from aquatic objects of the environment by pheno- and genotype. Materials and methods. A sample of 304 Vibrio cholerae 01 strains was studied. Isolation of 39 genes related to pathogenicity was carried out. Discrimination ability of a set of genes was determined by Simpson formula. Cluster analysis was carried out by UPGMA method. Results. Analysis of multi-year data on aquatic V. cholerae 01 strains in country’s subject was carried out using GIS. A possibility of systematization of phenotypes of the isolated strains by defined parameters was shown. An experimental program for detection of presence/lack of various genes and their combinations forgenotyping was developed. Conclusion. GIS was established to allow to carry out analysis of phenotypes by defined parameters, as well as implement approximate systematization of genotypes of atoxigenic strains of cholera vibrios 01 by optimally sufficient detection of 14 genes.
References

1. Zubkova D.A., Kruglikov V.D., Arkhangel'skaya I.V., Vodop'yanov A.S., Nepomnyashchaya N.B., Vodop'yanov S.O. Geneticheskie osobennosti shtammov kholernykh vibrionov 01 serogruppy ctxA-tcpA+, vydelennykh iz vodnykh ob\"ektov Rossiiskoi Federatsii, okharakterizovannye s pomoshch'yu novoi geoinformatsionnoi sistemy. Zdorov'e naseleniya i sreda obitaniya. 2014, 9: 32 -34.

2. Zubkova D.A., Kruglikov V.D., Vodop'yanov A.S., Nepomnyashchaya N.B., Shestialtynova I.S., Arkhangel'skaya I.V., Ezhova M.I., Uskova N.N. Svidetel'stvo o gosudarstvennoi registratsii bazy dannykh № 2014621055. Geoinformatsionnaya sistema. Kholera 1989-2014,2014.

3. Monakhova E.V. Faktory patogennosti nekholerogennykh shtammov kholernykh vibrionov. Avtoref. dis. d-ra biol. nauk. Rostov-na-Donu, 2012.

4. Onishchenko G.G., Popova A.Yu., Kutyrev V.V, Smirnova N.I., Shcherbakova S.A., Moskvitina E.A., Titova S.V. Aktual'nye problemy epidemiologicheskogo nadzora, laboratornoi diagnostiki i profilaktiki kholery v Rossiiskoi Federatsii. Zhurn. mikrobiol. 2016, 1: 89-101.

5. Osina N.A., Kalyaeva T.B., Bugorkova T.V., Kas'yan I.A., Obrotkina N.F. Rezul'taty monitoringa kholernykh vibrionov v vodnykh ekosistemakh na territorii Respubliki Kalmykiya. Zdorov'e naseleniya i sreda obitaniya. 2013, 2 (239): 28-30.

6. Titova S.V., Moskvitina E.A., Kruglikov V.D., Samorodova A.V., Tyuleneva E.G., Monakhova E.V., Pisanov R.V., Vodop'yanov A.S., Arkhangel'skaya I.V., Ivanova S.M., Kovaleva T.V., Vodop'yanov S.O. Kholera: otsenka epidemiologicheskoi obstanovki v mire i Rossii v 2006-2015 gg. Prognoz na 2016 g. Probl. osobo opasnykh inf. 2016, 1: 20-27.