Этиологическая структура внебольничных пневмоний в условиях пандемии новой коронавирусной инфекции в Саратовской области

Статья в Elpub

Инфекция и иммунитет. 2022; 12: 95-104

Этиологическая структура внебольничных пневмоний в условиях пандемии новой коронавирусной инфекции в Саратовской области

Портенко С. А., Казакова Е. С., Найденова Е. В., Осина Н. А., Проскурякова М. В., Катышев А. Д., Шаркова Е. А., Кедрова О. В., Чумачкова Е. А., Шамьюнов М. Р., Харитонова В. Ф., Гурьева Л. А., Попова Н. Ю., Максимова Л. В., Бугоркова С. А., Щербакова С. А., Кутырев В. В.

https://doi.org/10.15789/2220-7619-EPO-1747

Аннотация

Внебольничные пневмонии относятся к полиэтиологическим инфекционным заболеваниям бактериальной или вирусной природы. В большинстве случаев они обусловлены такими возбудителями, как Streptococcus pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Haemophilus influenzaе, Chlamydophila pneumoniae, Staphylococcus aureus, Legionella spp., грамотрицательными палочками, вирусами гриппа А и В, аденовирусами, PC-вирусом, вирусами парагриппа. Однако, несмотря на внедрение в лабораторную практику широкого спектра современных диагностических методов, этиологию заболевания удается установить только в 40–60% случаев. В настоящей статье приведен анализ данных по обнаружению возбудителей внебольничных пневмоний и их маркеров в пробах клинического материала от больных, проходивших лечение в медицинских организациях г. Саратова и Саратовской области в период с июля по август 2020 г., сопряженный с увеличением количества случаев заболевания новой коронавирусной инфекцией COVID-19. Клинический материал (мазки из ротоглотки, слюна, мокрота, кровь и сыворотка крови) получен от 129 больных и исследован с помощью микробиологических, иммуносерологических и молекулярно-генетических методов. Для исследований применяли транспортные и питательные среды, диагностические препараты, реагенты, диски с антибактериальными препаратами отечественного и зарубежного производства, зарегистрированные на территории Российской Федерации. В результате проведенных исследований у 82 (63,6%) пациентов выявлены маркеры возбудителя COVID-19 (вирусная РНК или специфические антитела классов IgM и/или IgG), при этом в 42% случаев отмечено совпадение результатов ОТ-ПЦР и ИФА. Отмечено преобладание доли тяжелых клинических форм заболевания в группе больных пневмониями, вызванными вирусом SARS-CoV-2 (17,1%), по сравнению с пневмониями другой этиологии (12,8%). Значительных различий в видовом составе сопутствующей микрофлоры и ее чувствительности к антибактериальным препаратам у лиц с маркерами COVID-19 и без таковых не выявлено. При исследовании бактериологическими методами из проб клинического материала большинства больных были выделены S. aureus, K. pneumoniae, S. pneumoniae, M. pneumoniae, Acinetobacter spp., как в монокультуре, так и в ассоциациях. В 49,6% случаев патогенная микрофлора, в том числе возбудители внебольничных пневмоний, не выявлена, что может быть обусловлено приемом антибактериальных препаратов до начала сбора материала на исследование и лечением сопутствующих хронических заболеваний.

Список литературы

1. Бондаренко А.П., Шмыленко В.А., Троценко О.Е., Котова В.О., Бутакова Л.В., Базыкина Е.А. Характеристика бактериальной микрофлоры, выделенной из клинических проб мокроты больных пневмонией, зарегистрированных в Хабаровске и Хабаровском крае в начальный период пандемии коронавируса в мае–июне 2020 г. // Проблемы особо опасных инфекций. 2020. Т. 3. С. 43–49. doi: 10.21055/preprints-3111767

2. Зырянов С.К., Ченкуров М.С., Ивжиц М.А., Батечко Ю.А., Иванова E.Б., Якунина М.А. Исследование структуры сопутствующих заболеваний и этиологии внебольничной пневмонии у пациентов пожилого и старческого возраста // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2020. Т. 22, № 3. С. 242–248. doi: 10.36488/cmac.2020.3.242-248

3. Катаева Л.В., Степанова Т.Ф., Степанова К.Б., Бакштановская И.В., Посоюзных О.В., Ташланова В.В., Карпухина Н.Ф., Колотова О.Н., Калашникова Ю.Н., Вакарина А.А. Микробиоценоз нижних дыхательных путей при пневмонии, ассоциированной с SARS-COV-2 [препринт] // Covid-19 Preprints. 2020. doi: 10.21055/preprints-3111755

4. Мелехина Е.В., Музыка А.Д., Николаева С.В., Горелов А.В., Усенко Д.В., Понежева Ж.Б. Сочетанные респираторные инфекции в период пандемии COVID-19. [препринт] // Covid-19 Preprints. 2020. doi: 10.21055/preprints-3111764

5. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2019 году по Саратовской области: материалы государственного доклада. Роспотребнадзор: Саратов, 2020. 281 с.

6. Савинова Т.А., Ильина Е.Н., Сидоренко С.В. Перспективы применения антипневмококковой вакцинации для сдерживания распространения антибактериальной резистентности среди пневмококков // Антибиотики и химиотерапия. 2011. Т. 56. С. 5–6.

7. Cillóniz C., Dominedò C., Torres A. Multidrug resistant gram-negative bacteria in community-acquired pneumonia. Crit. Care, 2019, vol. 23: 79. doi: 10.1186/s13054-019-2371-3

8. Hackel M., Lascols C., Bouchillon S., Hilton B., Morgenstern D., Purdy J. Serotype prevalence and antibiotic resistance in Streptococcus pneumoniae clinical isolates among global populations. Vaccine, 2013, vol. 31, pp. 4881–4887. doi: 10.1016/j.vaccine.2013.07.054

9. Quoc C.H., Phuong T.N.T., Duc H.N., Le T.T., Thu H.T.T., Tuan S.N., Trong L.P. Carbapenemase genes and multidrug resistance of Acinetobacter baumannii: a cross sectional study of patients with pneumonia in Southern Vietnam. Antibiotics (Basel), 2019, vol. 8, no. 3: 148. doi: 10.3390/antibiotics8030148

10. Rodrigo T.A., Sibila O. The respiratory threat posed by multidrug resistant gramnegative bacteria invited review series: respiratory infections in the Asia-Pacific Region. Respirology, vol. 22, pp. 1288–1299. doi: 10.1111/resp.13115

11. Song J.H., Huh K., Chung D.R. Community-acquired pneumonia in the Asia-Pacific Region. Semin. Respir. Crit. Care Med., 2016, vol. 37, no. 6, pp. 839–854. doi: 10.1055/s-0036-1592075

12. Wang L.M., Qiao X.L., Ai L., Zhai J.J., Wang X.X. Isolation of antimicrobial resistant bacteria in upper respiratory tract infections of patients. 3 Biotech, 2016, vol. 6, no. 2: 166. doi: 10.1007/s13205-016-0473-z

13. Zhou Y., Guo S., He Y., Zuo Q., Liu D., Xiao M., Fan J., Li X. COVID-19 is distinct from SARS-CoV-2-negative community-acquired pneumonia. Front. Cell Infect. Microbiol., 2020, vol. 10: 322. doi: 10.3389/fcimb.2020.00322

Russian Journal of Infection and Immunity. 2022; 12: 95-104

Etiological pattern of community-acquired pneumonia related to the new coronavirus infection COVID-19 pandemic in the Saratov Region

Portenko S. A., Kazakova E. S., Naidenova E. V., Osina N. A., Proskuriakova M. V., Katyshev A. D., Sharkova E. A., Kedrova O. V., Chumachkova E. A., Shamyunov M. R., Kharitonova V. F., Gureva L. A., Popova N. Yu., Maksimova L. V., Bugorkova S. A., Scherbakova S. A., Kutyrev V. V.

https://doi.org/10.15789/2220-7619-EPO-1747

Abstract

Community-acquired pneumonia is a polyetiological infectious disease of bacterial or viral nature. In most cases, it is caused by pathogens such as Streptococcus pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Haemophilus influenzae, Chlamydophila pneumoniae, Staphylococcus aureus, Legionella spp. However, despite that a wide range of modern diagnostic methods have been introduced into laboratory practice, the etiology of the disease can be determined only in 40–60% of cases. Here, we analyzed the causative agents of community-acquired pneumonia and relevant markers samples of clinical material collected from patients undergoing treatment in the medical facilities of the city of Saratov and the Saratov Region during the period from July to August, 2020, coupled to increase number of cases of new coronavirus infection COVID-19. Clinical material (oropharyngeal swabs, saliva, sputum, blood and blood serum) was obtained from 129 patients and investigated by using microbiological, immunoserological and molecular genetic methods. For this, there were used transport and nutrient media, diagnostic drugs, reagents, discs with antibacterial domestic and foreign drugs registered in the Russian Federation. As a result, 82 (63.6%) patients were found to have markers of the pathogen COVID-19 (viral RNA or specific antibodies of IgM and/or IgG classes), whereas 42% of cases had overlapped RT-PCR and ELISA data. There was a predominance of severe clinical forms of the disease in the group of patients with pneumonia caused by SARS-CoV-2 virus (17.1%), compared with pneumonia of another etiology (12.8%). No marked differences in specific pattern of the accompanying microflora and its sensitivity to antibacterial agents were observed in persons with/without markers of COVID-19. While being examined by bacteriological methods, S. aureus, K. pneumoniae, S. pneumoniae, M. pneumoniae, Acinetobacter spp., both in monoculture and in associations, were isolated from samples of clinical material collected from the majority of patients. In 49.6% of cases, pathogenic microflora, including pathogens causing community-acquired pneumonia, has not been identified, which may be due to the use of antibacterial drugs before the collection of clinical material and treatment applied due to comorbid chronic diseases.

References

1. Bondarenko A.P., Shmylenko V.A., Trotsenko O.E., Kotova V.O., Butakova L.V., Bazykina E.A. Kharakteristika bakterial'noi mikroflory, vydelennoi iz klinicheskikh prob mokroty bol'nykh pnevmoniei, zaregistrirovannykh v Khabarovske i Khabarovskom krae v nachal'nyi period pandemii koronavirusa v mae–iyune 2020 g. // Problemy osobo opasnykh infektsii. 2020. T. 3. S. 43–49. doi: 10.21055/preprints-3111767

2. Zyryanov S.K., Chenkurov M.S., Ivzhits M.A., Batechko Yu.A., Ivanova E.B., Yakunina M.A. Issledovanie struktury soputstvuyushchikh zabolevanii i etiologii vnebol'nichnoi pnevmonii u patsientov pozhilogo i starcheskogo vozrasta // Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya. 2020. T. 22, № 3. S. 242–248. doi: 10.36488/cmac.2020.3.242-248

3. Kataeva L.V., Stepanova T.F., Stepanova K.B., Bakshtanovskaya I.V., Posoyuznykh O.V., Tashlanova V.V., Karpukhina N.F., Kolotova O.N., Kalashnikova Yu.N., Vakarina A.A. Mikrobiotsenoz nizhnikh dykhatel'nykh putei pri pnevmonii, assotsiirovannoi s SARS-COV-2 [preprint] // Covid-19 Preprints. 2020. doi: 10.21055/preprints-3111755

4. Melekhina E.V., Muzyka A.D., Nikolaeva S.V., Gorelov A.V., Usenko D.V., Ponezheva Zh.B. Sochetannye respiratornye infektsii v period pandemii COVID-19. [preprint] // Covid-19 Preprints. 2020. doi: 10.21055/preprints-3111764

5. O sostoyanii sanitarno-epidemiologicheskogo blagopoluchiya naseleniya v Rossiiskoi Federatsii v 2019 godu po Saratovskoi oblasti: materialy gosudarstvennogo doklada. Rospotrebnadzor: Saratov, 2020. 281 s.

6. Savinova T.A., Il'ina E.N., Sidorenko S.V. Perspektivy primeneniya antipnevmokokkovoi vaktsinatsii dlya sderzhivaniya rasprostraneniya antibakterial'noi rezistentnosti sredi pnevmokokkov // Antibiotiki i khimioterapiya. 2011. T. 56. S. 5–6.

7. Cillóniz C., Dominedò C., Torres A. Multidrug resistant gram-negative bacteria in community-acquired pneumonia. Crit. Care, 2019, vol. 23: 79. doi: 10.1186/s13054-019-2371-3

11. Song J.H., Huh K., Chung D.R. Community-acquired pneumonia in the Asia-Pacific Region. Semin. Respir. Crit. Care Med., 2016, vol. 37, no. 6, pp. 839–854. doi: 10.1055/s-0036-1592075