Обнаружение возбудителей гриппа и острых респираторных вирусных инфекций у населения Казахстана в эпидемический сезон 2018-2019 гг.

Статья в Elpub

Инфекция и иммунитет. 2021; 11: 137-147

Обнаружение возбудителей гриппа и острых респираторных вирусных инфекций у населения Казахстана в эпидемический сезон 2018-2019 гг.

Кливлеева Н. Г., Онгарбаева Н С., Баймухаметова А. М., Сактаганов Н. Т., Лукманова Г. В., Глебова Т. И., Саятова М. Х., Березин В. Э., Нусупбаева Г. Е., Айкимбаев А. М.

https://doi.org/10.15789/2220-7619-DOI-1348

Аннотация

Грипп и другие острые респираторные вирусные инфекции являются наиболее распространенными инфекционными заболеваниями современности, наносящими значительный вред здоровью человека и большой экономический ущерб. К возбудителям ОРВИ в настоящее время относят не менее пяти групп вирусов, включающих более 300 их подтипов. Для этих инфекционных агентов характерна высокая степень изменчивости, приводящая к смене антигенных характеристик вирусов, повышению их контагиозности, «ускользанию» от иммунного ответа, резистентности к химиопрепаратам. Актуальность проблемы гриппа и других ОРВИ обусловлена также быстрым формированием на их фоне бактериально-ассоциированных респираторных заболеваний. Угрозу представляют постоянная изменчивость вирусов гриппа и появление новых возбудителей ОРВИ. В последние годы наблюдается одновременная циркуляция вирусов гриппа подтипов A(H1N1) и A(H3N2), с доминированием пандемического штамма, и вирусов гриппа типа B. Среди возбудителей негриппозных ОРВИ чаще всего регистрируют респираторно-синцитиальный вирус, рино- и аденовирусы и вирусы парагриппа I/III. В статье представлены результаты вирусологических и серологических исследований клинических образцов, собранных в эпидемический сезон 2018—2019 гг. на территории Республики Казахстан. Для изучения циркуляции вирусов в эпидемический сезон 2018—2019 гг. у больных с диагнозами ОРВИ, ОРЗ, бронхит и пневмония был проведен сбор 2794 клинических образцов (2530 носоглоточных смывов и 264 сыворотки крови). Исследование носоглоточных смывов на грипп методом РТ-ПЦР показало, что в Казахстане циркулируют вирусы гриппа смешанной этиологии с преобладанием вируса A/H1N1pdm. Так, генетический материал вируса гриппа обнаружен в 511 смывах (20,20% от общего числа обследованных проб). РНК вируса гриппа А выявлена в 508 биопробах: в 289 — A/H1N1, в 209 — A/H3N2, в 10 образцах установить субтип вируса не удалось. Вирус гриппа типа В обнаружен в трех образцах. Исследование 264 сывороток крови в РТГА и ИФА показало наличие у населения разных регионов Казахстана антител к вирусам гриппа A/H1N1, A/H3N2 и В, что косвенно подтверждает социркуляцию этих вирусов. На куриных эмбрионах выделено 42 изолята вируса гриппа, из которых 28 отнесены к вирусу гриппа A/H1N1pdm, 13 — к A/H3N2, один изолят идентифицирован как вирус гриппа В. При лабораторной диагностике клинических образцов на ОРВИ установлено, что среди выявленных негриппозных агентов преобладал респираторно-синцитиальный вирус, реже встречались риновирусы и аденовирусы. Метапневмовирусы, бокавирусы, коронавирусы и вирусы парагриппа I типа были обнаружены в единичных случаях. Сравнение результатов исследований с результатами изучения циркуляции возбудителей гриппа в эпидемическом сезоне 2017—2018 гг. показало, что в Казахстане в 2018—2019 гг., как и в предыдущем эпидсезоне, продолжалась социркуляция вирусов гриппа А и В с доминированием вируса A/H1N1pdm. Выявление негриппозных вирусов — возбудителей респираторных инфекций в 2018—2019 гг. — показало преобладание респираторно-синцитиального вируса, что коррелирует с результатами эпидсезона 2017—2018 гг.

Список литературы

1. Бартлетт Д. Инфекции дыхательных путей. СПб., 2000. 192 с.

2. Беляев А.Л., Бурцева Е.И., Феодоритова Е.Л., Слепушкин А.Н. Профилактика гриппа — важнейшее мероприятие отечественного здравоохранения. М.: РЭТ-инфо, 2007. № 4 (64). С. 44—45.

3. Выделение вирусов гриппа в клеточных культурах и куриных эмбрионах и их идентификация: методические рекомендации; утв. Федеральной службой по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. Москва, 2006. 22 c.

4. Вялов С.С., Кузнецов В.И. Острые респираторные вирусные инфекции: как лечить и предупреждать эффективно // Поликлиника. 2009. № 5. С. 28—31.

5. Гланц С. Медико-биологическая статистика: пер. с англ. М.: Практика, 1999. 459 с.

6. Кливлеева Н.Г., Онгарбаева Н.С., Сактаганов Н.Т., Глебова Т.И., Лукманова Г.В., Шаменова М.Г., Саятов М.Х., Березин В.Э., Нусупбаева Г.Е., Айкимбаев А.М., Вебби Р. Дж. Циркуляция вирусов гриппа среди людей и свиней на территории Казахстана в 2017—2018 гг. // Вестник Национальной академии наук Республики Казахстан. 2019. Т. 2, № 378. С. 6—13. doi: 10.32014/2019.2518-1467.35

7. Кливлеева Н.Г., Сактаганов Н.Т., Глебова Т.И., Лукманова Г.В., Шаменова М.Г., Саятов М.Х., Онгарбаева Н.С., Каакожаева М.К., Баймухаметова А.М., Амирашева Л.К., Мустафин М.К., Мустафин Б.М., Баисеев Г.А. Обнаружение вирусов гриппа А (H1N1) у людей и свиней в регионе Северного Казахстана в 2014—2016 гг. // Известия НАН РК. Серия Биологическая. 2017. Т. 5, № 323. С. 106—114.

8. Лыткина И.Н., Волкова Н.А. Профилактика гриппа и острых респираторных вирусных инфекций среди эпидемиологически значимых групп населения // Лечащий врач. 2006. № 9. С. 83—85.

9. Михайлов А.А., Дорецкий Л.И. Справочник практического врача. М.: Эксмо, 2007. 528 с. [Mikhailov A.A., Doretsky L.I. Handbook of a practitioner. Moscow: Eksmo, 2007. 528 p. (In Russ.)]

10. Ратникова Л.И., Степако Е.А. Новый подход к терапии острых респираторных вирусных инфекций и гриппа // Поликлиника. 2009. № 2. С. 70—72.

11. Смагул М.А., Нусупбаева Г.Е., Айкимбаев А.М., Березин В.Э., Кливлеева Н.Г. Надзор за гриппом и острыми респираторными инфекциями в Казахстане // Медицина. 2018. № 8 (194). С. 25—31. doi: 10.31082/1728-452X-2018-194-8-25-31

12. Шаменова М.Г., Кливлеева Н.Г., Глебова Т.И., Лукманова Г.В., Сактаганов Н.Т., Баймухаметова А.М., Онгарбаева Н.С., Каакожаева М.К., Наурызалиева Ш.Т. Изучение популяционного иммунитета к вирусам гриппа А и В среди населения г. Алматы и Алматинской области в 2018 г. // Центрально-азиатский научно-практический журнал по общественному здравоохранению. 2019. № 3. С. 77—81.

13. Этиология острых респираторных заболеваний. В кн.: Острые респираторные заболевания у детей. Лечение и профилактика: науч.-практ. программа. М.: Международный фонд охраны здоровья матери и ребенка, 2002. С. 10.

14. Abed Y., Boivin G. Review of clinical influenza A and B infections with reduced susceptibility to both Oseltamivir and Zanamivir. Open Forum Infecti. Dis., 2017, vol. 4, no. 5: ofx105. doi: 10.1093/ofid/ofx105

15. Foll M., Poh Y.P., Renzette N., Ferrer-Admetlla A., Bank C., Shim H., Malaspinas A.-S., Ewing G., Liu P., Wegmann D., Caffrey D.R., Zeldovich K.B., Bolon D.N., Wang J.P., Kowalik T.F., Schiffer C.A., Finberg R.W., Jensen J.D. Influenza virus drug resistance: a time-sampled population genetics perspective. PLoS Genet., 2014, vol. 10 (2): e1004185. doi: 10.1371/journal.pgen.1004185

16. Korteweg C., Gu J. Pandemic influenza A (H1N1) virus infection and avian influenza A (H5N1) virus infection: a comparative analysis. Biochem Cell Biol., 2010, vol. 88, pp. 575-587. doi: 10.1139/010-017

17. Memoli M.J., Athota R., Reed S., Czajkowski L., Bristol T., Proudfoot K., Hagey R., Voell J., Fiorentino C., Ademposi A., Shoham S., Taubenberger J.K. The natural history of influenza infection in the severely immunocompromised vs nonimmunocompromised hosts. Clin. Infect. Dis., 2014, vol. 58, no. 2, pp. 214-224. doi: 10.1093/cid/cit725

18. Rambaut A., Pybus O.G., Nelson M.I., Viboud C., Taubenberger J.K., Holmes E.C. The genomic and epidemiological dynamics of human influenza A virus. Nature, 2008, vol. 453, no. 7195, pp. 615-619. doi: 10.1038/nature06945

19. Reperant L.A., Grenfell B.T., Osterhaus A.D. Quantifying the risk of pandemic influenza virus evolution by mutation and reassortment. Vaccine, 2015, vol. 33, no. 49, pp. 6955-6966. doi: 10.1016/j.vaccine.2015.10.056

20. WHO Global Influenza Surveillance Network. Manual for the laboratory diagnosis and virological surveillance of influenza. Geneva: WH0 Press, 2011. 153 p.

Russian Journal of Infection and Immunity. 2021; 11: 137-147

Detection of influenza virus and pathogens of acute respiratory viral infections in population of Kazakhstan during 2018-2019 epidemic season

Klivleyeva N. G., Ongarbayeva N. S., Baimukhametova A. M., Saktaganov N. T., Lukmanova G. V., Glebova T. I., Sayatov M. Kh., Berezin V. E., Nusupbaeva G. E., Aikimbayev A. M.

https://doi.org/10.15789/2220-7619-DOI-1348

Abstract

Influenza and other acute respiratory viral infections are the most common infectious diseases of our time, causing a significant harm to human health as well as great economic damage. At least five groups of viruses, including more than 300 subtypes, are currently related to ARVI pathogens. Such infectious agents are characterized by a high degree of variability resulting in replaced virus antigenic characteristics augmenting their contagiousness, immunoevasion, and resistance to chemotherapeutic drugs. Of relevance, influenza and other ARVIs also pose a threat due to subsequent rapid formation of bacterially-associated respiratory diseases as well as their continuous variability and emergence of new pathogenic species. In recent years, subtype A (H1N1) and A (H3N2) with predominance of pandemic strain, as well as type B influenza viruses have been simultaneously found in circulation. Most common among the causative agents of noninfluenza ARVIs, are respiratory syncytial virus, rhino- and adenoviruses, as well as I/III parainfluenza viruses. Here we present the results of virological and serological studies of clinical samples collected during the 2018—2019 epidemic season in the territory of the Republic of Kazakhstan after analyzing 2794 clinical samples (2530 nasopharyngeal swabs and 264 blood serum samples) of patients diagnosed with ARVI, ARI, bronchitis, and pneumonia. Examining nasopharyngeal swabs by using RT-PCR showed that the mixed etiology influenza viruses with predominant A/H1N1pdm virus circulated in Kazakhstan. In particular, influenza virus genetic material was found in 511 swabs (20.20% of total examined samples), so that influenza A virus RNA was detected in 508 biological samples such as A/H1N1 — in 289, A/H3N2 — 209, unverified virus subtype — 10 samples. Type B influenza virus was detected in 3 samples. Analyzing 264 blood serum samples by the HAI assay and ELISA showed the presence of antibodies specific to influenza A/H1N1, A/H3N2, and B viruses in the population of various regions of Kazakhstan, thereby indirectly confirming their co-circulation. 42 influenza virus strains were isolated in chicken embryos, of which 28 were assigned to A/H1N1pdm virus, 13 — A/H3N2 virus, and one isolate was identified as influenza B virus. The laboratory diagnostics of clinical samples for ARVIs revealed that respiratory syncytial virus prevailed among identified non-influenza agents, whereas rhino- and adenoviruses were less common. Metapneumoviruses, bocaviruses, coronaviruses, and type I parainfluenza viruses were detected in few cases. Comparison of our study data with the data on 2017—2018 circulation of influenza pathogens showed that in Kazakhstan influenza A and B viruses continued to circulate, with the dominance of A/H1N1pdm virus as it was in the previous epidemic season. Identification of non-influenza viruses, the causative agents of 2018—2019 respiratory infections, showed the predominance of respiratory syncytial virus that correlated with the aforementioned results.

References

1. Bartlett D. Infektsii dykhatel'nykh putei. SPb., 2000. 192 s.

2. Belyaev A.L., Burtseva E.I., Feodoritova E.L., Slepushkin A.N. Profilaktika grippa — vazhneishee meropriyatie otechestvennogo zdravookhraneniya. M.: RET-info, 2007. № 4 (64). S. 44—45.

3. Vydelenie virusov grippa v kletochnykh kul'turakh i kurinykh embrionakh i ikh identifikatsiya: metodicheskie rekomendatsii; utv. Federal'noi sluzhboi po nadzoru v sfere zashchity prav potrebitelei i blagopoluchiya cheloveka. Moskva, 2006. 22 c.

4. Vyalov S.S., Kuznetsov V.I. Ostrye respiratornye virusnye infektsii: kak lechit' i preduprezhdat' effektivno // Poliklinika. 2009. № 5. S. 28—31.

5. Glants S. Mediko-biologicheskaya statistika: per. s angl. M.: Praktika, 1999. 459 s.

6. Klivleeva N.G., Ongarbaeva N.S., Saktaganov N.T., Glebova T.I., Lukmanova G.V., Shamenova M.G., Sayatov M.Kh., Berezin V.E., Nusupbaeva G.E., Aikimbaev A.M., Vebbi R. Dzh. Tsirkulyatsiya virusov grippa sredi lyudei i svinei na territorii Kazakhstana v 2017—2018 gg. // Vestnik Natsional'noi akademii nauk Respubliki Kazakhstan. 2019. T. 2, № 378. S. 6—13. doi: 10.32014/2019.2518-1467.35

7. Klivleeva N.G., Saktaganov N.T., Glebova T.I., Lukmanova G.V., Shamenova M.G., Sayatov M.Kh., Ongarbaeva N.S., Kaakozhaeva M.K., Baimukhametova A.M., Amirasheva L.K., Mustafin M.K., Mustafin B.M., Baiseev G.A. Obnaruzhenie virusov grippa A (H1N1) u lyudei i svinei v regione Severnogo Kazakhstana v 2014—2016 gg. // Izvestiya NAN RK. Seriya Biologicheskaya. 2017. T. 5, № 323. S. 106—114.

8. Lytkina I.N., Volkova N.A. Profilaktika grippa i ostrykh respiratornykh virusnykh infektsii sredi epidemiologicheski znachimykh grupp naseleniya // Lechashchii vrach. 2006. № 9. S. 83—85.

9. Mikhailov A.A., Doretskii L.I. Spravochnik prakticheskogo vracha. M.: Eksmo, 2007. 528 s. [Mikhailov A.A., Doretsky L.I. Handbook of a practitioner. Moscow: Eksmo, 2007. 528 p. (In Russ.)]

10. Ratnikova L.I., Stepako E.A. Novyi podkhod k terapii ostrykh respiratornykh virusnykh infektsii i grippa // Poliklinika. 2009. № 2. S. 70—72.

11. Smagul M.A., Nusupbaeva G.E., Aikimbaev A.M., Berezin V.E., Klivleeva N.G. Nadzor za grippom i ostrymi respiratornymi infektsiyami v Kazakhstane // Meditsina. 2018. № 8 (194). S. 25—31. doi: 10.31082/1728-452X-2018-194-8-25-31

12. Shamenova M.G., Klivleeva N.G., Glebova T.I., Lukmanova G.V., Saktaganov N.T., Baimukhametova A.M., Ongarbaeva N.S., Kaakozhaeva M.K., Nauryzalieva Sh.T. Izuchenie populyatsionnogo immuniteta k virusam grippa A i V sredi naseleniya g. Almaty i Almatinskoi oblasti v 2018 g. // Tsentral'no-aziatskii nauchno-prakticheskii zhurnal po obshchestvennomu zdravookhraneniyu. 2019. № 3. S. 77—81.

13. Etiologiya ostrykh respiratornykh zabolevanii. V kn.: Ostrye respiratornye zabolevaniya u detei. Lechenie i profilaktika: nauch.-prakt. programma. M.: Mezhdunarodnyi fond okhrany zdorov'ya materi i rebenka, 2002. S. 10.

20. WHO Global Influenza Surveillance Network. Manual for the laboratory diagnosis and virological surveillance of influenza. Geneva: WH0 Press, 2011. 153 p.